Pada 2018, Gatot juga dipercaya menjadi Ketua Satgas Nusantara yang dibentuk agar Pilkada Serentak 2018 bisa berjalan aman.
Dan di tahun 2019 Gatot diangkat menjadi Kapolda Metro Jaya menggantikan Kapolri saat ini, Jenderal Polisi Idham Azis, yang saat itu diangkat menjadi Kepala Bareskrim Polri.
Beberapa peristiwa besar yang terjadi di ibu kota kota selama Gatot menjabat antara lain kerusuhan seusai pengumuman hasil Pemilu pada 21-22 Mei 2019 serta aksi Reformasi Dikorupsi pada September 2019.