Berikut ini 6 poin utama yang diputuskan dan dideklarasikan terkait pembubaran JI saat itu:
1. Menyatakan pembubaran Al Jamaah Al Islamiyah dan kembali ke pangkuan Negara Kesatuan Republik Indonesia
2. Menjamin kurikulum dan materi ajar terbebas dari sikap tatharuf dan merujuk pada paham Ahlussunah wal Jamaah
3. Membentuk tim pengkajian kurikulum dan materi ajar
4. Siap untuk terlibat aktif mengisi kemerdekaan sehingga bangsa Indonesia menjadi bangsa yang maju dan bermanfaat
5. Siap mengikuti peraturan hukum yang berlaku di NKRI serta berkomitmen dan konsisten menjalankan hal-hal yang merupakan konsekuensi logisnya
6. Hal-hal teknis berkaitan dengan kesepakatan di atas akan dibicarakan denga negara c.q Densus 88 AT Mabes Polri.