Ayah Prabowo, Sumitro Djojohadikusumo (1917–2001) berasal dari Gombong, Kabupaten Karanganyar (sekarang wilayah Kebumen).

Ayahnya seorang ekonom yang menjabat sebagai mantan Menteri Perekonomian pada masa Presiden Soekarno dan menteri Riset dan Teknologi pada Soeharto.

Sumitro menamai Prabowo dengan nama adik laki-lakinya sendiri yang terbunuh dalam insiden melawan Pasukan Jepang di Lengkong, Tangerang selama Revolusi Nasional Indonesia.

Ibunda Prabowo, Dora Marie Sigar (1921–2008) adalah seorang Kristen Protestan dari keturunan Minahasa, yang berasal dari keluarga Sigar-Maengkom di Langowan, Sulawesi Utara.

Mereka menikah di Utrecht, Belanda.

Dikutip dari wikipedia, Prabowo Subianto memiliki dua kakak perempuan, Bianti Djiwandono yang lahir pada tahun 1948, dan Maryani Djojohadikusumo yang lahir pada tahun 1950.

Adik laki-laki satu-satunya, Hashim Djojohadikusumo, lahir pada tahun 1954.

Kakak sulung Prabowo, Bianti, menikah dengan Sudrajad Djiwandono, Gubernur Bank Indonesia pada tahun 1993 hingga 1998.

Sedangkan kakak perempuannya, Maryani, menikah dengan pengusaha Prancis Didier Lemaistre, yang meninggal pada tahun 2018.

Adik laki-laki Prabowo, Hashim, adalah salah satu pengusaha terkaya di Indonesia dengan aset tersebar di seluruh dunia mulai dari Indonesia hingga Eropa dan Amerika Utara.