Keputusan Syuriyah ini memicu ketidakpastian dan ketegangan di antara kedua badan utama dalam organisasi.

Isu utama yang melatarbelakangi permintaan pengunduran diri ini cukup beragam. 

Salah satu alasan yang dikemukakan Syuriyah adalah terkait kebijakan Gus Yahya yang dianggap kontroversial, seperti mengundang peneliti Zionis dalam sebuah kegiatan PBNU. 

Selain itu, munculnya isu perebutan pengaruh dan dugaan adanya masalah terkait pengelolaan konsesi tambang yang diberikan pemerintah kepada PBNU turut memperkeruh suasana, meskipun isu tambang ini dibantah oleh Sekretaris Jenderal PBNU kubu Tanfidziyah, Saifullah Yusuf (Gus Ipul).