Bagian interior juga menerima ubahan dengan warna beige dengan pola jok yang baru, serta Versi TRD Sportivo hadir dengan membawa tampilan eksterior berbeda.
Toyota Vios generasi tiga hadir pada 2013 dengan tampilan yang lebih mewah lagi. Toyota mulai memproduksi Vios secara lokal di Indonesia di tahun ini, sebelumnya impor dari Thailand.
Baca juga: Toyota Harap Proyek EV Smart Mobility di Bali Bisa Tingkatkan Minat Masyarakat ke Kendaraan Listrik
Di generasi ini, Toyota memberikan ubahan pada grille dan fascia depan lebih elegan, terlebih dipadukan dengan velg 15 inci dan velg 16 inci untuk Toyota All New Limo Vios G dan TRD Sportivo yang menggunakan tampilan yang lebih sporty.
Jika sejak generasi pertama Toyota Vios menggunakan mesin 1.500 cc 1NZ-FE, tahun 2016 Vios mulai memakai mesin 1.500 cc 2NR-FE dengan Dual VVT-i, mesin yang juga digunakan Toyota Avanza facelift generasi kedua dan Toyota Sienta generasi kedua.
Pada April 2018, Vios mengalami facelift, dimana lebih fokus pada peningkatan fitur kesalamatan, yakni airbag sebanyak 7 titik, Hill Start Assist, Vehicle Stability Control, Crash Sensor dan Emergency Brake Signal.
Facelift kali ini juga memberikan ubahan cukup menarik pada kabin dengan mengusung 7 inci HD Display, DVD, koneksi iPod dan ponsel melalui USB, AUX, serta miracast.
Sistem hiburan dilengkapi juga dengan konektivitas internet Weblink dan kontrol melalui aplikasi ponsel pintar.
Bagian gril juga diubah dengan garis horizontal berukuran besar, desain lampu depan lebih tajam dan sportif.