Nababan banyak terlibat dalam organisasi gereja di tingkat dunia.
Ia pernah menjabat sebagai Sekretaris Pemuda Dewan Gereja-gereja Asia (1963-1967) dan belakangan Presiden dari lembaga yang sama (1990-1995).
Wakil Ketua dari Komite Sentral Dewan Gereja-gereja se-Dunia (1983-1998), Wakil Presiden Federasi Lutheran se-Dunia dan anggota Komite Eksekutif dari lembaga yang sama.
Nababan juga menjabat sebagai Ketua pertama dari Vereinte Evangelische Mission(United Evangelical Mission), sebuah lembaga misi internasional yang terdiri atas 34 gereja anggota yang tersebar di Afrika, Asia, dan Jerman.
Dalam Sidang Raya ke-9 Dewan Gereja-gereja se-Dunia di Porto Alegre, Brasil pada tahun 2006, Nababan terpilih menjadi salah seorang Presiden dari lembaga persekutuan gereja-gereja sedunia itu yang beranggotakan gereja-gereja Protestan dan Ortodoks.
Menikahi Alida Lientje Tobing
Ia mempersunting Alida Lientje Tobing, perempuan yang awal dikenalnya sebagai guru sekolah minggu.
“Saat itu saya memang tidak memberikan perhatian khusus kepadanya, karena pembawaannya yang rendah hati,” kenang SAE dalam bukunya Selagi Masih Siang.
Mereka menikah pada 8 Januari 1964, lalu segera mengikuti tugas penempatan SAE sebagai sekretaris pemuda EACC di Manila.
Alida setia melengkapi peran SAE baik di EACC, di DGI/PGI dan sebagai pimpinan HKBP.
Bahkan di era krisis HKBP 1992-1998, ia juga tetap tabah mendukung jalan perjuangan suaminya.
Nababan mempunyai dua orang anak laki-laki, seorang anak perempuan serta dua orang cucu.
Putranya, Hotasi Nababan adalah Alumni ITB dan MIT serta pernah menjabat sebagai CEO Merpati Nusantara dan GE Indonesia.
Dua orang dari saudara-saudara kandungnya adalah Panda Nababan, anggota DPR Republik Indonesia dari PDI-P dan Asmara Nababan, tokoh Komisi Nasional Hak Asasi Manusia
Artikel ini telah tayang di Tribun-Medan.com dengan judul Penyebab Ompui Ephorus Emeritus HKBP SAE Nababan Meninggal, Begini Sosoknya di Mata Kerabat,