Kemudian Hiryu melepaskan semua pesawat tempurnya yang langsung menyerang dan mengakibatkan kapal induk USS Yorktown rusak parah dan harus ditinggakan.
Sekitar pukul 17.00, pesawat-pesawat pengebom tukik Amerika dari kapal induk USS Enterprise kembali bertempur dan mengakibatka Hiryu rusak berat.
Kapal induk Akagi dan Hiryu tenggelam di pagi hari pada 5 Juni 1942. Sedangkan Soryu dan Kaga sudah tenggelam pada 4 Juni 1942 malam.
Laksamana Yamamoto sebenarnya masih memiliki cukup kapal perang, tetapi tanpa kapal induk dan pesawat-pesawat tempurnya, Yamamoto terpaksa memerintahkan armadanya mundur dari perairan Midway.
Pada 5 Juni, gugur tugas armada Pasifik AS kemudian mengejar armada Jepang tetapi akibat cuaca buruk pengejaran itu dihentikan.
Pada 6 Juni 1942, cuaca membaik dan langit cerah. Kondisi itu digunakan armada Amerika untuk menghancurkan sisa-sisa armadaJepang.
Di saat pengejaran dihentikan, sebuah kapal selam Jepang melepaskan torpedonya ke arah USS Yorktown yang sedang berusaha ditarik. Kapal itu akhirnya tenggelam pada senja hari 7 Juni 1942 sekaligus mengakhiri Pertempuran Midway.
Berita ini telah tayang di Kompas.com dengan judul: Hari Ini dalam Sejarah: AS Kalahkan Jepang dalam "Battle of Midway"