Lebih lanjut dia menceritakan, Sultan HB IX akhirnya memutuskan untuk memilih tanah yang saat ini digunakan sebagai tempat berdirinya bangunan masjid, karena di tanah tersebut dikuburkan 10 orang pejuang yang meninggal saat Serangan Umum 11 Maret 1949, Sultan HB IX ingin masjid tersebut juga menjadi monumen bagi para pejuang tersebut.
Arsitektur bangunan masjid ini sarat dengan makna. Jika para jamaah duduk di ruangan masjid akan melihat 4 batang saka bentung dan 1 batang saka guru sehingga semua berjumlah 5 buah.
Hal ini merupakan lambang negara Pancasila. Saka guru merupakan lambang sila yang pertama, yakni Ketuhanan Yang Mahaesa.
Usuk sorot (memusat seperti jari-jari payung), disebut juga peniung, merupakan lambang kewibawaan negara yang melindungi rakyatnya.
Soko guru yang digunakan adalah kayu jati yang berukuran 50 cm x 50 cm yang didatangkan dari daerah Cepu.
Saat ditebang, umur kayu jati tersebut telah mencapai 150 tahun. Sedangkan umpak (batu penyangga tiang) berasal dari petilasan Sultan Agung Hanyokrokusuma yang dahulu berkedudukan di Pleret Bantul.
Di masjid ini juga terdapat beragam ukir-ukiran.
Ukiran ini selain dimaksudkan untuk menambah keindahan dan kewibawaaan, juga mengandung makna dan maksud tertentu.
Ukiran praba, berarti Bumi, tanah, kewibawaan. Ukiran saton berarti menyendiri, sawiji. Ukiran Sorot berarti sinar cahaya matahari.
Tlacapan berarti panggah, yaitu tabah dan tangguh.
Ceplok-ceplok berarti pemberantas angkara murka. Ukiran mirong berarti maejan atau nisan, berarti bahwa semuanya kelak pasti dipanggil oleh Allah.
Ukiran tetesan embun di antara daun dan bunga yang terdapat di balok uleng berarti siapa yang salat di masjid ini semoga mendapat anugerah Allah.
Dari aspek konstruksi, bangunan masjid Sokotunggal ini juga sarat makna.
Dalam konstruksi masjid itu ada bagian yang berbentuk bahu dayung'.