Maka dimulailah pertanian dan perikanan yang telah menjadi bagian penting dari ekonomi Kaohsiung.

Beberapa akademisi percaya Taiwan sebagai rumah leluhur semua Austronesia modern, yaitu, penduduk asli Selandia Baru, Australia, Malaysia, Singapura, Indonesia dan daerah sekitarnya karena keragaman dan kekayaan bahasa yang digunakan oleh suku Aborigin Taiwan modern.

Namun, tidak banyak bukti untuk mengkonfirmasi maupun menyangkal teori tersebut.

Akan tetapi, orang-orang Austronesia ini bukanlah penghuni pertama Kaohsiung.

Penggalian arkeologi telah menemukan bukti bahwa daerah itu dihuni bahkan lebih awal dari 4000 SM, tetapi oleh siapa dan untuk berapa lama masih belum diketahui.

Yang lebih membingungkan lagi adalah apa yang terjadi pada orang-orang itu.

Tanda pertama yang dapat dilacak dari budaya China di Taiwan muncul pada abad ke-12 dan ke-13 M.

Pada tahun 1206, pulau itu menjadi protektorat Kekaisaran China di bawah Jenghis Khan, tetapi sebenarnya tidak ada pemerintah China di pulau itu sampai lama kemudian.

Sementara itu, suku Aborigin terus mendominasi wilayah Kaohsiung.

Pada tahun 1624 pemukim Eropa pertama datang ke Kaohsiung.

Belanda menjajah pulau itu, mendirikan markas mereka di Tainan dengan benteng didirikan di Zuo Ying modern.

Sementara bagian utara diperebutkan oleh Spanyol, Belanda memegang bagian selatan pulau dengan kuat sampai mereka diusir secara paksa pada tahun 1661 oleh pasukan jenderal China Cheng Cheng-Kung, juga dikenal sebagai Koxinga.

Cheng adalah seorang loyalis Ming yang berencana menggunakan pulau itu sebagai basis operasi dalam perangnya untuk menggulingkan Dinasti Qing dan mengembalikan Dinasti Ming.

Cheng mendirikan Kabupaten Wan Nien di Zuo Ying modern dan memperluas kegiatan pertanian di sekitar wilayah Kaohsiung.