Indonesia juga mempunyai sejumlah masalah misalnya terkait dengan keberadaan Ahmadiyah, penolakan pembangunan atau pendirian rumah ibadah, pro kontra soal Lady Gaga dan Irshad Manji, namun semuanya masih dapat diperdebatkan.
Terkait dengan Ahmadiyah, mainstream sikap sejumlah Ormas Islam moderat menunjukkan bahwa sebenarnya Ahmadiyah tidak menjadi masalah jika mereka tidak menyimpang dari pokok ajaran agama Islam, namun masih mengaku sebagai bagian dari Islam.
Oleh karena itu, jika Ahmadiyah merupakan agama tersendiri, tidak akan ditolak keberadaannya oleh umat Islam di Indonesia. Di London, dalam setiap dialog interfaith, menurut Hasyim Muzadi, perwakilan Ahmadiyah dipisahkan dengan perwakilan Islam, dan pihak Ahmadiyah sendiri dapat menerimanya.
Jika ukuran kurang dihormatinya hak-hak minoritas seperti dalam kasus Lady Gaga atau Irshad Manji, seorang penulis buku dari Australia yang membenarkan “perkawinan sejenis”, maka kita sebagai bangsa harus menegaskan bahwa tidak ada negara manapun yang tata nilai dan sosial budayanya dirusak oleh ideologi asing atas nama kebanggaan intelektualisme yang kosong.
Menurut penulis, sebenarnya penghargaan ACF tersebut harus diterjemahkan sebagai hasil perjuangan rakyat Indonesia secara keseluruhan dalam meminimalisir intoleransi dan kekerasan, bukan kepada SBY sebagai figur pribadi.
Makna positif dari penghargaan ini adalah merupakan pengakuan bahwa demokrasi telah berjalan dengan baik di Indonesia, kehidupan yang dilandasi dengan penghormatan terhadap HAM, toleransi dan seterusnya berlangsung dengan baik di Indonesia, sekaligus penghargaan tersebut menepis anggapan dan pandangan dunia internasional bahwa Indonesia banyak pelanggaran HAM, tidak aman, banyak aksi kekerasan, kekacauan dan seterusnya.
Dengan diplomasi yang baik di dunia internasional menjadi nilai positif yang dapat dimanfaatkan. Memang penghargaan ini jika ditarik ke wilayah domestik memang akan menimbulkan pro dan kontra, tapi kalau ditarik dalam konteks internasional, maka akan menemukan relevansinya tentang urgensi pemberian penghargaan tersebut.