Kedua tahap Trial and Run dilakukan PLB KRDE dengan penumpang terbatas atau undangan. Jadwal pengoperasian KA pada tahap ini telah disesuaikan dengan jadwal penerbangan di Bandara Internasional Yogyakarta.

Tujuan tahap ini adalah untuk sosialisasi dan edukasi kepada masyarakat, terkait pola operasi, misalnya jam keberangkatan, stasiun pemberhentian, ticketing system, dan pelayanan lainnya serta persiapan akhir menuju waktu pengoperasian secara komersial KA Bandara YIA ini.

"Terakhir adalah tahap Operasional Komersial atau Pelayanan, yaitu KA Bandara ini beroperasi melayani masyarakat dengan berbayar," uxap Zulkifri.

Menurut Zulkifri, untuk tahap awal akan terdapat 30 perjalanan KA per hari dengan waktu perjalanan 39 menit.

PT. KAI selaku Operator kereta api akan menyiapkan 4 trainset dengan sistem untuk operasi, perawatan dan cadangan.

Di dialog yang sama, Pengamat kebijakan publik Agus Pambagio mengapresiasi pembangunan jalur kereta api oleh DJKA Kemenhub ini.

"Kalau jalur sudah mau rampung ini, saya sudah Alhamdulillah. Orang bisa lebih cepat dan lebih murah ke Bandara YIA," tuturnya.

Agus menyarankan, baiknya jadwal KA Bandara diintegrasikan dengan jadwal penerbangan yang ada. Sehingga, integrasi antarmoda lebih terasa.

Hal senada juga disampaikan, Ketua Masyarakat Transportasi Indonesia Agus Taufik Mulyono.

"Alhamdulillah akhirnya ada, saya apresiasi sekali, inilah kado istimewa saudara-saudara kami yang ada di Yogyakarta," kata Agus Yaufik

Agus Taufik mengajak pemerintah daerah untuk memanfaatkan akses KA Bandara ini.

"Peranan pemerintah daerah sangat menentukan optimalisasi infrastruktur transportasi yang hampir beroperasi ini," ucapnya.