"Polisi dipaksa masuk ke halaman untuk membubarkan kerumunan dan memindahkan batu-batu, untuk mencegah kekerasan lebih lanjut," kata kementerian seperti dikutip AP News.

Beberapa jam setelah bentrokan, polisi Israel mengatakan mereka telah mengakhiri kekerasan dan menangkap ratusan tersangka.

Mereka mengatakan masjid dibuka kembali dan salat Jumat berlangsung seperti biasa dengan kapasitas puluhan ribu orang.

Pihak berwenang Israel mengatakan mereka sebelumnya telah mengadakan negosiasi dengan para pemimpin Muslim untuk memastikan ketenangan dan memungkinkan salat berlangsung.

Tetapi para pemuda Palestina melemparkan batu ke Gerbang Mughrabi, yang mengarah ke Tembok Barat, sebuah situs suci utama Yahudi, yang memicu kekerasan.

Menteri Keamanan Nasional Israel, Omer Barlev, yang mengawasi kepolisian, mengatakan Israel tidak tertarik dalam kekerasan di tempat suci itu tetapi polisi terpaksa menghadapinya karena mendapatkan serangan.

Dia mengatakan Israel berkomitmen untuk kebebasan beribadah bagi orang Yahudi dan Muslim.

Perdana Menteri Israel Naftali Bennett, berbicara pada pertemuan liburan dengan pejabat keamanan, mengatakan pihak berwenang bekerja untuk menenangkan keadaan di Temple Mount dan di seluruh Israel.

"Pada saat yang sama, kami siap untuk skenario apa pun," kata Bennett.

Al-Aqsa, tempat suci, yang disakralkan bagi orang Yahudi dan Muslim, sering menjadi pusat kerusuhan Israel-Palestina dan ketegangan telah meningkat di tengah gelombang kekerasan baru-baru ini.

Bentrokan di lokasi itu tahun lalu memicu perang 11 hari dengan militan Hamas di Jalur Gaza.

Baca juga: Berita Foto : Israel Lancarkan Operasi Militer di Jenin Tepi Barat

Baca juga: Polisi Israel Tembak Mati Pelaku Penembakan di Tel Aviv

Adapun bentrokan pada hari Jumat datang di waktu yang sangat sensitif.

Ramadhan tahun ini bertepatan dengan Paskah, hari libur utama Yahudi selama seminggu yang dimulai pada hari Jumat saat matahari terbenam, dan pekan suci umat Kristen, yang berpuncak pada hari Minggu Paskah.

Liburan diharapkan membawa puluhan ribu umat beriman ke Kota Tua Yerusalem, rumah bagi situs-situs utama yang disucikan oleh ketiga agama.