Antasari diduga sebagai aktor intelektual di balik pembunuhan tersebut sehingga ditetapkan sebagai tersangka dan dijerat pasal 340 KUHP dengan ancaman maksimal hukuman mati.

"Apakah masih bisa kita katakan SBY tidak intervensi perkara? Ini bukti. Untuk tidak menahan Aulia Pohan? Tapi saya tidak bisa. Terus dikatakan kepada petinggi penegak hukum, Antasari liar tidak bisa dikendalikan lagi, proses. Inilah yang terjadi," ucap Antasari..

Saat Antasari menjabat sebagai Ketua KPK, Aulia Pohan ditetapkan sebagai tersangka oleh KPK.

Apabila Aulia Pohan bersama dengan dua rekannya yang lain, yaitu Bun Bunan Hutapea dan Maman Sumantri, dinilai KPK bersalah.

KPK menetapkan mantan Deputi Gubernur BI Aulia Pohan bersama Bun Bunan Hutapea dan Maman Soemantri, sebagai tersangka kasus dana aliran BI senilai Rp100 miliar kepada mantan pejabat BI dan anggota DPR.

Menurut KPK saat itu, penetapan tersangka tersebut berdasarkan pada hasil penyelidikan, fakta persidangan, dan menyikapi putusan pengadilan mantan Gubernur BI, Burhanuddin Abdullah.

Burhanudin oleh Pengadilan Tindak Pidana Korupsi divonis lima tahun penjara dalam kasus dana aliran BI.

Anak Aulia Pohan, merupakan menantu SBY karena putra sulungnya Agus Harimurti Yudhoyono menikah dengan Anissa Pohan.