Dari posisi tersebut, Novel pun ditarik ke Bareskrim Mabes Polri selama kurang lebih dua tahun.

Pada Januari 2007, Novel ditugaskan Mabes Polri di KPK sebagai penyidik anti korupsi.

Kariernya di KPK cukup gemilang.

Novel dipercaya menangani kasus-kasus korupsi besar.

Ia bahkan dikenal tidak pandang bulu.

Novel jugalah yang berhasil membawa pulang mantan Bendahara Umum Partai Demokrat Muhammad Nazaruddin dari tempat pelariannya di Kolombia.

Ia juga telah mengungkap kasus Wisma Atlet yang melibatkan aktris dan anggota DPR RI Angelina Sondakh.

Tak hanya itu, Novel Baswedan juga berhasil menjebloskan Nunun Nurbaeti ke penjara.

Hal itu terkait kasus suap cek pelawat pada pemilihan Deputi Senior Gubernur Bank Indonesia pada 2004 silam.

Suami dari Rina Emilda ini juga turut mengungkap kasus jual beli perkara Pilkada yang melibatkan Ketua MK Akil Mochtar.

Bahkan, Novel berhasil mecium kasus korupsi SIM di tubuh Polri, tempat ia mengawali kariernya sebagai polisi.

Dalam kasus dugaan korupsi simulator SIM, ia berhasil menyeret beberapa nama petinggi Polri.

Ditambah lagi, ia dengan berani memeriksa mantan Kakorlantas Polri Irjen Djoko Susilo.

Tentu saja ini mengundang polemik karena menimbulkan keretakan antara KPK dan Polri.