- Kementerian Pertahanan

- Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia

- Kementerian Keuangan

- Kementerian Energi dan Sumber Daya Mineral

- Kementerian Perindustrian

- Kementerian Perdagangan

- Kementerian Pertanian

- Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan

- Kementerian Perhubungan

- Kementerian Kelautan dan Perikanan

- Kementerian Ketenagakerjaan

- Kementerian Desa, Pembangunan Daerah Tertinggal dan Transmigrasi

- Kementerian Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat

- Kementerian Kesehatan

- Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan

- Kementerian Riset dan Teknologi/Kepala Badan Riset dan Inovasi Nasional

- Kementerian Sosial

- Kementerian Agama

- Kementerian Pariwisata dan Ekonomi Kreatif/Kepala Badan Pariwisata dan Ekonomi Kreatif

- Kementerian Komunikasi dan Informatika

- Kementerian Koperasi dan Usaha Kecil dan Menengah

- Kementerian Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak

- Kementerian Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi

- Kementerian Perencanaan Pembangunan Nasional/Kepala Badan Perencanaan Pembangunan Nasional

- Kementerian Agraria dan Tata Ruang/Kepala Badan Pertanahan Nasional

- Kementerian Badan Usaha Milik Negara

- Kementerian Pemuda dan Olahraga

4. Pejabat setingkat menteri

Pejabat setingkat menteri adalah pejabat yang berkedudukan di bawah Presiden dan bertanggung jawab langsung kepada Presiden.

Mereka juga memiliki badan atau lembaga yaitu:

- Kejaksaan Agung

- Sekretariat Kabinet

- Polri

- TNI

5. Lembaga pemerintah nonkementerian

Lembaga pemerintah nonkementerian adalah lembaga pemerintah pusat yang dibentuk untuk melaksanakan tugas pemerintahan tertentu dari Presiden.

Berikut daftar sejumlah lembaga pemerintah nonkementerian di Indonesia.

- Arsip Nasional Republik Indonesia

- Bank Indonesia

- Badan Informasi Geospasia

- Badan Intelijen Negara

- Badan Keamanan Laut Republik Indonesia

- Badan Kepegawaian Negara

- Badan Kependudukan dan Keluarga Berencana Nasional

- Badan Koordinasi Penanaman Modal

- Badan Meteorologi, Klimatologi, dan Geofisika

- Badan Narkotika Nasional

- Badan Nasional Penanggulangan Bencana

- Badan Nasional Penanggulangan Terorisme

- Badan Nasional Pencarian dan Pertolongan

- Badan Nasional Penempatan dan Perlindungan Tenaga Kerja Indonesia

- Badan Pengawas Keuangan dan Pembangunan

- Badan Pengawas Tenaga Nuklir

- Badan Pengawasan Obat dan Makanan

- Badan Pengelola Keuangan Haji

- Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi

- Badan Perencanaan Pembangunan Nasional

- Badan Pertanahan Nasional

- Badan Pusat Statistik

- Badan Siber dan Sandi Negara

- Badan Standardisasi Nasional

- Badan Tenaga Nuklir Nasional

- Lembaga Administrasi Negara

- Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia

- Lembaga Kebijakan Pengadaan Barang/Jasa Pemerintah

- Lembaga Ketahanan Nasional Republik Indonesia

- Lembaga Penerbangan dan Antariksa Nasional

- Perpustakaan Nasional Republik Indonesia

- Badan Penyelenggara Jaminan Sosial Kesehatan

- Badan Penyelenggara Jaminan Sosial Ketenagakerjaan

Lembaga yudikatif terdiri dari Mahkamah Agung (MA); Mahkamah Konstitusi (MK); dan Komisi Yudisial (KY).

Untuk lembaga eksaminatif adalah lembaga atau badan yang bertugas memeriksa pengelolaan dan tanggung jawab keuangan negara.

Dalam hal ini, lembaga eksaminatif di Indonesia adalah Badan Pemeriksa Keuangan (BPK).

Selanjutnya, ada lembaga negara independen yang dibentuk dengan dasar hukum yang berbeda-beda, melalui konstitusi, undang-undang maupun keputusan presiden.

Lembaga negara independen berdasarkan konstitusi di Indonesia antara lain:

- Komisi Pemilihan Umum (KPU)

- Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK)

- Komisi Nasional Hak Asasi Manusia (Komnas HAM)

Di luar ini, masih ada sejumlah lembaga lain yang dibentuk melalui peraturan perundang-undangan, peraturan pemerintah atau peraturan presiden, atau peraturan menteri.

Berikut beberapa daftar lembaga lain:

- Badan Amil Zakat Nasional

- Badan Nasional Sertifikasi Profesi

- Satuan Kerja Khusus Pelaksana Kegiatan Usaha Hulu Minyak dan Gas Bumi

- Kantor Staf Presiden

- Ombudsman Republik Indonesia

- Otoritas Jasa Keuangan

- Pusat Pelaporan dan Analisis Transaksi Keuangan

- Lembaga Perlindungan Saksi dan Korban

- Lembaga Penjamin Simpanan

- Komisi Penyiaran Indonesia

- Komisi Pengawas Persaingan Usaha

- Komisi Perlindungan Anak Indonesia

- Ombudsman Republik Indonesia

- Lembaga Sensor Film

- LPP Televisi Republik Indonesia

- LPP Radio Republik Indonesia

- Badan Pengawas Perdagangan Berjangka Komoditi

- Badan Regulasi Telekomunikasi Indonesia

- Badan Pengatur Jalan Tol

- Komite Nasional Keselamatan Transportasi

- Komisi Nasional Anti Kekerasan Terhadap Perempuan

- Komisi Kejaksaan

- Komisi Kepolisian Nasional

- Dewan Pers

- Dewan Ketahanan Nasional

- Dewan Ketahanan Pangan, dan lainnya

(Tribunnews.com/Sri Juliati, Kompas.com/Arum Sutrisni Putri)