Hal lain yang menguatkan dugaan lainnya adalah adanya saksi yang melihat Alpius bersama tiga sampai empat anggota TNI berada di sekitar lokasi tewasnya Pendeta Yeremia di sekitar waktu ditemukannya Pendeta Yeremia.

"Ini berangkat dari pengakuan korban sebelum meninggal kepada dua orang saksi, minimal dua orang saksi yang mengaku melihat bahwa Alpius berada di sekitar TKP pada waktu kejadian dengan tiga atau empat anggotanya.

Komnas HAM menduga motif penyiksaan yang mengakibatkan tewasnya pendeta Yeremia yang diduga dilakukan Alpius adalah untuk memaksa mencari keterangan dan atau pengakuan dari Yeremia atas keberadaan senjata yang dirampas TPNPB/OPM dua hari sebelimnya maupun keberadaan anggota TPNPB/OPM lainnya.

Hal ini, kata Anam secara tegas disampaikan Alpius yang menyebutkan nama Pendeta Yeremia Zanambani sebagai salah satu musuhnya.

Selain itu Pendeta Yeremia Zanambani juga cukup vokal dalam menanyakan berulang kali keberadaan hilangnya dua orang anggota keluarganya kepada pihak TNI dalam sebuah operasi covid.

"Dengan melihat kronologi atas peristiwa yang dialami Pendeta Yeremia Zanambani, patut diduga terdapat perintah pencarian senjata yang telah dirampas pada peristiwa tanggal 17 dan pencarian anggota TPNB /OPM. Pemberi perintah ini patut diduga merupakan pelaku tidak langsun," kata Anam.

Sebagaimana diketahui, laporan yang disampaikan Komnas HAM terkait dugaan keterlibatan oknum aparat dalam peristiwa tewasnya Pendeta Yeremia menguatkan hasil temuan tim pencari fakrta lain terkait kasus tersebut.

Diantaranya, tim Tim Gabungan Pencari Fakta Intan Jaya bentukan Kemenko Polhukam dan Tim Kemanusiaan Untuk Intan Jaya yang digawangi aktifis HAM Haris Azhar beberapa waktu lalu.