Pada 1987, Paulus Waterpauw pun menyelesaikan pendidikannya di Akademi Kepolisian.

Setalah lulus dari Akademi Kepolisian, ia bertugas di Surabaya sebagai Pamapta Polresta Surabaya.

Baca juga: Jabatan Baru Jenderal Bintang 3 Polri : Kabareskrim, Kalemdiklat, hinggga Kabaintelkam Putra Papua

Setahun kemudian, suami dari Roma Megawanti Pasaribu tersebut dipercaya menjadi Wakasat Serse Polresta Surabaya Timur pada 1988, lalu Kanit Interkrim Sat IPP Polwiltabes Surabaya tahun 1990, dan Kasat Intelpam Polres Mojokerto pada 1992.

Setelah lama bertugas di Jawa Timur, Paulus Waterpauw akhirnya dipindah ke Kalimantan Tengah menjabat sebagai Kasat Ops Puskodalops Polda Kalteng pada 1997.

Setahun kemudian, ia menjadi Paban Muda Pada Paban IV/Kam Sintel Polri.

Akhirnya ia pun banyak bertugas di wilayah Polda Metro Jaya.

Baca juga: BREAKING NEWS: Kapolri Jenderal Listyo Sigit Tunjuk Komjen Agus Andrianto Jadi Kabareskrim

Pada tahun 2000, ia dipercaya menjadi Kapolsek Metro Menteng, Jakarta Pusat.

Masih pada tahun yang sama, ia kemudian dipercaya menjadi Kapuskodal Ops Polres Jakarta Pusat, lalu
Wakapolres Tangerang pada 2001.

Setelah itu, ia menjadi perwira menengah Sespim Dediklat Polri dalam rangka pendidikan pada 2002.

Selepas menyelesaikan pendidikannya, ia kembali ke kampung halamannya menjadi Kapolres Mimika Polda Papua pada 2002.

Tiga tahun kemudian, ia pun dipercaya menjadi Kapolres Jayapura Kota Polda Papua pada 2005.

Karirnya kian moncer, pada 2006 Paulus Waterpauw dipercaya menjadi Dir Reskrim Polda Papua.

Kemudian pada 2009, ia kembali ke Jakarta menjadi penyidik utama TK II Dit III/Kor dan WWC Bareskrim Polri.

Setahun kemudian, ia kembali menjalani pendidikan dan selesai pada 2010.

Baca juga: Kapolda Papua Irjen Paulus Waterpauw Ditunjuk Menjadi Kabaintelkam Polri