Setelah kembali terpilih, ternyata gejolak akibat krisis moneter semakin menjadi hingga terjadi kerusuhan Mei 1998.

Hal tak terduga terjadi tanggal 18 Mei 1998. Harmoko mengeluarkan keterangan pers dan meminta supaya Presiden Soeharto mundur.

“Demi persatuan dan kesatuan Bangsa pimpinan DPR baik Ketua maupun Wakil Ketua, mengharapkan presiden Soeharto mengundurkan diri secara arif dan bijaksana,” ucap Harmoko.

Hal tersebut yang membuat ketegangan antara keluarga Cendana Soeharto dan Harmoko.

Mereka pun tidak pernah bertatap muka lagi hingga tahun 2008, Harmoko menjenguk Soeharto di RSPP dan menjadi pertemuan yang terakhir sebelum Soeharto meninggal.

Setelah tumbangnya Orde Baru (Orba) dan lahirnya Era Reformasi nama Harmoko tak muncul lagi dalam aktivitas politik.

Tak lama muncul, Harmoko mulai aktif kembali dengan dunia lamanya yakni tulis menulis.

Harmoko sesekali menulis di kolom Ngopi Pos Kota. Pada tahun 2016, Harmoko mengalami penurunan kesehatan karena kerusakan saraf motorik otak belakang.

Harmoko berjuang untuk memulihkan kesehatannya yang memasuki usianya ke-77 tahun.

Jejak karir Harmoko:

Wartawan dan Kartunis Harian Merdeka (1960)

Wartawan Harian Angkatan Bersenjata (1964)

Wartawan Harian API (1965)

Pemred Harian Merdiko (1965)

Pendiri Harian Pos Kota (1970)

Pemimpin dan Penanggung Jawab Harian Mimbar Kita (1966-1968)

Menteri Penerangan Indonesia (1983-1997)

Ketua Umum Golkar (1993-1998)

Ketua DPR RI (1997-1999)

Ketua MPR RI (1997-1999)