Untung bergabung dengan Tim Mawar, Grup IV Kopassus saat Prabowo Subianto menjadi Komandan Jenderal (Danjen) Kopassus. Saat itu Untung masih berpangkat kapten. 

Tim Mawar adalah tim kecil yang dibuat oleh Grup IV Kopassus pada tahun 1998. 

Tim ini merupakan dalang dari operasi penculikan belasan aktivis politik pro-demokrasi menjelang berakhirnya pemerintahan Presiden Soeharto pada 1998. 

Terdapat 14 aktivis yang ditangkap oleh Tim Mawar, tetapi sembilan di antaranya berhasil dipulangkan, sementara terdapat beberapa tawanan lain yang berstatus hilang, salah satunya Wiji Thukul. 

Setelah terjadinya reformasi, semua anggota Tim Mawar kemudian diseret menjalani persidangan di Pengadilan Militer Jakarta. 

Baca juga: Selain Mayjen Untung Budiharto, Ini 4 Eks Anggota Tim Mawar yang Dapat Jabatan

Untung yang saat itu masih berpangkat Kapten (Inf) divonis 20 bulan penjara dan dipecat sebagai anggota TNI bersama sejumlah anggota Tim Mawar lainnya. 

Sementara Komandan Tim Mawar Mayor (Inf) Bambang Kristiono divonis 22 bulan penjara dan dipecat sebagai anggota TNI. 

Beberapa prajurit lainnya juga divonis penjara meskipun tak dipecat sebagai anggota TNI.   

Namun, lima prajurit yang dipecat mengajukan banding pada tahun 2000, termasuk Untung Budiharto.

Baca juga: Apa Itu Tim Mawar Kopassus? Soal Hilangnya Para Aktivis, hingga Eks Anggota Kini Jadi Pangdam Jaya

Putusan banding kemudian menyebutkan Untung Budiharto hanya dihukum 2 tahun 6 bulan penjara tanpa dikenakan sanksi pemecatan.