Hal ini membuat Presiden Soekarno menggelar rapat terbatas pada 1 Januari 1946 di kediamannya Jalan Pegangsaan Timur Nomor 56, Jakarta.

Hasil rapat terbatas ini pun memilih Yogyakarta menjadi alternatif.

Pada 2 Januari 1946, Sri Sultan Hamengkubuwono IX mengirimkan kurir ke Jakarta dan menyarankan agar ibu kota negara dipindah ke Yogyakarta.

Tawaran ini pun diterima Soekarno dan juga menegaskan apakah Yogyakarta sanggup menerima pemerintahan RI.

Hal ini pun disanggupi oleh Sri Sultan Hamengkubuwono IX dan Paku Alam VIII.

Akhirnya pada 3 Januari 1945, rombongan Soekarno-Hatta dan para meneteri kabinet RI pergi ke Yogyakarta menggunakan kereta api sekitar pukul 18.00 WIB.

Terkait kepindahan kedua pimpinan negara tersebut, Wakil Menteri Penerangan RI, Mr. Ali Sastroamidjojo dalam siaran RRI mengumumkan secara resmi pemindahan pemerintahan RI ke Yogyakarta pada 4 Januar 1946.

Alasannya karena Jakarta sudah tidak aman dan fasilitas Yogyakarta dinilai memadai untuk dijadikan ibu kota.

Kemudian Soekarno pun berkantor di Gedung Agung yang terletak di seberang bekas Benteng Vredeburg.

Kembali ke Jakarta

Agresi Militer Kedua Belanda pun pecah pada 19 Desember 1948 dan Panglima Besar Jenderal Sudirman mengajak pemimpin Indonesia untuk keluar kota Yogyakarta dan melancarkan perang gerilya.

Namun rapat kabinet diputuskan agar Presiden, Wakil Presiden dan beberapa menteri tetap berada di dalam kot agar tetap berhubungan dengan para anggota Komisi Tiga Negara (KTN).

Kemudian Soekarno juga memerintahkan Menteri Kemakmuran, Mr. Syafruddin Prawiranegara untuk membentuk Pemerintah Darurat RI (PDRI) di Bukittinggi, Sumatera Barat.

Selain itu mandat serupa juga diterima Mr A.A. Maramis dan Dr. Soedarsono yang sedang berada di New Delhi untuk membentuk pemerintahan pengasingan di India.