Kemudian, SBY melakukan perombakan alias reshuffle kabinet dengan merotasi Bayu sebagai Wakil Menteri Perdagangan (Wamendag).

Ia didapuk mendampingi Gita Wirjawan yang menjabat sebagai Menteri Perdagangan (Mendag).

Jabatan Wamendag diemban Bayu hingga 20 Oktober 2014.

Bayu juga pernah menjadi komisaris Pusri, Dewan Pengawas Bulog, dan Komisaris Utama PGN.

Selain itu, Bayu juga pernah menjadi Dirut Badan Pengelola Dana Perkebunan.

Pada 2021, Bayu dipercaya sebagai Komisaris Utama PT Rajawali Nusantara Indonesia (RNI) yang kini menjadi induk Holding BUMN Pangan dengan nama ID FOOD.

Ia lantas ditugaskan kembali menjadi Ketua Dewan Pengawas Perum Bulog terhitung sejak 4 Juli 2023.

Kini, Bayu Krisnamurthi diangkat menjadi Dirut Bulog oleh Erick Thohir.

Pengangkatan ini ditetapkan melalui Surat Keputusan Menteri BUMN nomor SK-341/MBU/12/2023 tanggal 1 Desember 2023 tentang Pemberhentian dan Pengangkatan Anggota-anggota Direksi Perum BULOG.

Bayu mengatakan amanah dan kepercayaan negara harus dijaga dengan baik. Apalagi mengingat posisi Bulog dalam menjaga kedaulatan pangan.

"Sekaligus melanjutkan kepemimpinan Budi Waseso yang menurut saya sudah baik dalam mengawal berjalannya transformasi Bulog sampai saat ini," ujar Bayu.

Bayu juga memuji kepemimpinan Buwas karena mampu membawa Bulog melewati masa sulit.

Ia menilai Buwas mampu menjaga institusi Bulog menjadi kuat, serta dapat menjalankan setiap misi yang ditugaskan negara dengan baik.

Usai sertijab, Bayu melaksanakan rapat terbatas singkat dengan direksi lama dan baru untuk membahas langkah-langkah selanjutnya.