Johnny Edison Isir lalu berminat terjun ke dunia kepolisian saat mengenyam pendidikan ke SMA Taruna Nusantara Magelang masuk 1990 dan lulus pada 1993.

Pada tahun 1993, barulah ia masuk ke Akpol.

Baca juga: Daftar Lengkap Mutasi 49 Pati TNI, Mayjen Saleh Mustafa Jadi Pangkostrad, Danpaspampres Diganti

Ia pun menjadi anak asli Papua pertama yang meraih Adhi Makayasa atau lulusan terbaik Akpol.

Lulus dari Akpol, Johnny Edison Isir melanjutkan pendidikannya ke Sekolah Tinggi Ilmu Kepolisian STIK atau PTIK.

Johnny Edison Isir lalu melanjutkan studinya ke University of Wollongong Australia dan mendapat gelar master di bidang Transnational Crime Prevention/MTCP pada 2006.

Selain itu ia juga pernah menimba ilmu di Sespimti dan lulus pada 2018.  

Dalam kariernya di kepolisian Brigjen. Pol. Jhonny Edison Isir telah menduduki berbagai jabatan penting.

Sejak ia lulus dari Akpol, ia menempati posisi sebagai Pamapta Polres Dili Timor Timur 1997-1998.

Di tahun tersebut ia lalku dipercaya menjadi Kasat Serse Polres Maliana Timor Timur selama setahun, sampai 1999.

Pada tahun 1999, ia dipindahtugaskan dengan menjabat Kasat Sabhara Polres Dili dan KBO Serse Polres Surabaya Utara Polda Jatim sampai tahun 2000.

Baca juga: KASN Ungkap Keluhan ASN Soal Ancaman Mutasi Saat Pemilu

Selama setahun 2000-2001 ia menjadi Kanit Res Intel Polsek Krembangan Polres Surabaya Utara Polda Jatim.

Lalu dipercaya menjadi Kapolsek Karangpilang Polres Surabaya Selatan (2003—2005).

Tahun 2007, ia menjadi Kanit I Sat II Ekonomi Dit Reskrim Polda Jatim.

Setahun kemudian, Johnny menjadi Wakasat Serse Polwiltabes Surabaya sampai 2009 dan menjadi Wakapolres Surabaya Selatan Polda Jatim sampai 2010.