Dalam surat dakwaan jaksa KPK, Rafael disebut bersama-sama dengan istrinya Ernie Meike Torondek secara bertahap sejak tanggal 15 Mei 2002 sampai dengan bulan Maret 2013 telah menerima gratifikasi berupa uang seluruhnya sejumlah Rp16,6 miliar. 

Penerimaan gratifikasi tersebut melalui PT ARME, PT Cubes Consulting, PT Cahaya Kalbar dan PT Krisna Bali International Cargo. 

Hal tersebut berhubungan dengan jabatan dan berlawanan dengan kewajiban atau tugas Rafael. 

Selain gratifikasi, Rafael bersama-sama Ernie juga didakwa melakukan TPPU dalam periode 2003-2010 sebesar Rp5,1 miliar dan penerimaan lain sejumlah Rp31,7 miliar. 

Berikutnya periode 2011-2023 sebesar Rp11,5 miliar dan penerimaan lain berupa 2.098.365 dolar Singapura dan 937.900 dolar Amerika Serikat serta sejumlah Rp14,5 miliar. 

Rafael menempatkan harta kekayaan yang patut diduga merupakan hasil tindak pidana ke dalam penyedia jasa keuangan. 

Dia juga membeli sejumlah aset berupa tanah dan bangunan, kendaraan roda dua dan empat, hingga perhiasan. 

Berikut pertimbangan majelis hakim tingkat banding: 

Menimbang bahwa setelah dicermati dan dipelajari alasan-alasan yang dikemukakan dalam memori banding dan kontra memori banding dari penasihat hukum terdakwa mengenai keberatan penasihat hukum terdakwa dalam memorinya, majelis hakim tingkat banding akan mempertimbangkan mengenai status barang bukti nomor 552 perkara gratifikasi atau barang bukti nomor 412 perkara TPPU. Menurut majelis hakim tingkat banding perlu dilakukan perbaikan terhadap redaksi status barang bukti tersebut agar eksekusi terhadap barang bukti dapat dilaksanakan, dengan demikian memori banding penasihat hukum dapat dikabulkan sebagian. 

Menimbang bahwa mengenai alasan-alasan yang dikemukakan dalam memori banding dan kontra memori banding dari penasihat hukum terdakwa selebihnya tidak sepenuhnya dapat dikabulkan kerena sebagian hanya pengulangan dan bukan mengenai hal-hal yang baru yang kesemuanya telah dipertimbangan oleh Pengadilan Tindak Pidana Korupsi pada Pengadilan Negeri Jakarta Pusat, dan terhadap memori banding dan kontra banding penuntut umum pada pokoknya hanya pengulangan dari tuntutan penuntut umum dan kesemuanya telah dipertimbangan oleh Pengadilan Tindak Pidana Korupsi pada Pengadilan Negeri Jakarta Pusat, sehingga dengan demikian tidak perlu dipertimbangkan lagi dan dikesampingkan. 

Menimbang bahwa berdasarkan pertimbangan-pertimbangan tersebut di atas, maka Putusan Pengadilan Tindak Pidana Korupsi pada Pengadilan Negeri Jakarta Pusat Nomor 75/Pid.Sus-TPK/2023/PN Jkt Pst tanggal 08 Januari 2024 yang dimintakan banding dapat dipertahankan dan dikuatkan dengan tambahan pertimbangan hukum sepanjang perubahan mengenai redaksi status barang bukti nomor 552 sampai dengan nomor 558 dalam perkara gratifkai, barang bukti nomor 412 sampai dengan nomor 418 dalam perkara TPPU pada putusan halaman 812, diubah menjadi "Barang bukti perkara gratifikasi nomor 552 atau

barang bukti perkara TPPU nomor 412 dikembalikan kepada darimana benda disita, sedangkan barang bukti perkara gratifikasi nomor 553 sampai dengan nomor 558 atau barang bukti perkara TPPU nomor 413 sampai dengan 418 dirampas untuk negara."