Selama di sana, dirinya pernah menjabat sebagai Wakil Ketua Komisi VII yang menangani isu-isu energi, sumber daya mineral, riset, teknologi, dan lingkungan hidup sampai 2013. 

Sejak 2019 dirinya aktif sebagai anggota Komisi I yang fokus pada pertahanan, luar negeri, komunikasi, dan informasi.

Sementara itu, di internal PDIP, Effendi pernah menjabat sebagai Ketua Dewan Pimpinan Pusat Bidang Sumber Daya dan Dana, serta menjadi salah satu bakal calon Sekretaris Jenderal (Sekjen) PDIP (2010-2015).

Selain itu, Effendi juga berkecimpung di dunia organisasi. Ia pernah menjabat sebagai Ketua Umum Pengurus Besar Lembaga Karate-Do Indonesia (PB Lemkari) menggantikan Doddy Susanto hingga 2012.

Ia juga menjadi salah satu penggagas berdirinya sebuah perkumpulan yang bertujuan mempererat hubungan di antara marga Simbolon di seluruh Indonesia, yakni Pusat Punguan Simbolon Dohot Boruna se-Indonesia (PSBI).

Effendi pun sempat mencalonkan diri bersama Jumiran Abdi pada Pilgub Sumatra Utara (Sumut) 2013.

Akan tetapi, mereka kalah dari pasangan Gatot Pujo Nugroho dan Tengku Erry Nuradi.

Baca juga: Pengamat Sebut Effendi Simbolon Sudah Tak Dianggap PDIP setelah Beri Dukungan ke Ridwan Kamil

Pernah Berseteru dengan KSAD

Berawal saat rapat Komisi I DPR dengan Panglima TNI dan Kepala Staf, Effendi Simbolon sempat mengucap TNI sebagai gerombolan, hingga berujung mendapat kritik dari anggota TNI di berbagai daerah.

Effendi juga menyinggung hubungan Panglima TNI Jenderal Andika Perkasa dengan KSAD Dudung Abdurrachman yang dinilai terjadi disharmoni.

Setelah mendapat berbagai kecaman dan tekanan hingga dilaporkan ke MKD, Effendi akhirnya menyampaikan permohonan maaf.

“Saya mohon maaf, saya tujukan ini pada seluruh prajurit baik yang bertugas maupun yang sudah purna," kata Effendi Simbolon.

"Juga para pihak yang mungkin tidak nyaman dengan perkataan saya dan juga pada Panglima TNI saya mohon maaf juga kepada Kepala Staf Angkatan Darat saya mohon maaf dan juga Kepala Staf Angkatan Laut, Kepala Staf Angkatan Udara yang juga mungkin merasa hal yang kurang nyaman."

Dudung Abdurachman yang saat itu menjabat sebagai KSAD merespons permintaan maaf dari anggota Komisi I DPR Effendi Simbolon soal pernyataan TNI 'gerombolan'.

Dalam jumpa pers di Markas Besar Angkatan Darat (Mabes AD) di Jakarta Pusat, Dudung mengatakan institusinya sudah menerima permintaan maaf Effendi itu.