Tidak jelas kemudian naskah asli Supersemar karena beberapa tahun kemudian naskah asli surat ini dinyatakan hilang dan tidak jelas hilangnya surat ini oleh siapa dan di mana karena pelaku sejarah peristiwa "lahirnya Supersemar" ini sudah meninggal dunia.

2. Isu Presiden Soekarno Dipaksa Tandatangani Supersemar versi AD

Menurut kesaksian seorang pengawal kepresidenan di Istana Bogor, Letnan Satu (lettu) Sukardjo Wilardjito, menyatakan Brigadir jendral (Brigjen) M. Panggabean ikut hadir ke Istana Bogor pada malam hari tanggal 11 Maret 1966 pukul 01.00 dini hari, dan bukan tiga perwira.

Sukardjo mengatakan, Brigjen M. Jusuf membawa map berlogo Markas Besar AD berwarna merah jambu.

Brigjen M. Pangabean dan Brigjen Basuki Rahmat lalu menodongkan pistol kearah Presiden Soekarno dan memaksa Presiden Soekarno menandatangani surat itu yang menurutnya itulah Surat Perintah Sebelas Maret yang tidak jelas apa isinya.

Lettu Sukardjo yang saat itu bertugas mengawal presiden, juga membalas menodongkan pistol ke arah para jenderal namun Presiden Soekarno memerintahkan Soekardjo untuk menurunkan pistolnya dan menyarungkannya.

Menurutnya, Presiden kemudian menandatangani surat itu.

Setelah menandatangani, Presiden Soekarno berpesan kalau situasi sudah pulih, mandat itu harus segera dikembalikan.

Keempat perwira tinggi lalu meninggalkan istana.

Presiden Soekarno mengatakan kepada Soekardjo, beliau harus keluar dari istana.

Tidak lama kemudian Istana Bogor sudah diduduki pasukan dari RPKAD dan Kostrad, Lettu Sukardjo dan rekan-rekan pengawalnya dilucuti kemudian ditangkap dan ditahan di sebuah Rumah Tahanan Militer dan diberhentikan dari dinas militer.

Beberapa kalangan meragukan kesaksian Soekardjo Wilardjito itu, bahkan salah satu pelaku sejarah supersemar itu, Jendral (Purn) M. Jusuf, serta Jendral (purn) M Panggabean membantah peristiwa itu.

3. Kesaksian A.M. Hanafi

Menurut Kesaksian A.M. Hanafi dalam bukunya "A.M Hanafi Menggugat Kudeta Soeharto", seorang mantan duta besar Indonesia di Kuba, yang dipecat secara tidak konstitusional oleh Soeharto.