Situasi militer di Ibukota segera berubah karena direbutnya inisiatif dari Gerakan 30 September PKI oleh Kostrad. Pangkostrad Mayjen Soeharto melalui Ajudan Presiden, Kolonel KKO Bambang Widjanarko, mengirimkan pesan kepada Presiden Soekarno agar meninggalkan kompleks Halim, selambat-lambatnya pada pukul 24.00, karena Kostrad telah mengetahui pangkalan itu merupakan basis kekuatan fisik pemberontak.

Perkembangan menjelang petang hari itu juga, berlangsung dengan cepat, sehingga pemberontak yang berkedudukan di Halim dan sekitarnya merasakan tekanan situasi.

Akhirnya, mereka segera menyingkir keluar Halim. Perintah Presiden melalui Brigjen Supardjo agar menghentikan gerakannya, menimbulkan kerumitan bagi D.N. Aidit, Sjam, dan Pono.

Dengan ketegasan sikap Mayjen Soeharto tersebut, yang dibarengi dengan operasi-operasi penumpasan secara militer, jelas bahwa Pangkalan Udara Halim Perdanakusuma tidak akan mungkin dapat dipertahankan lagi.

Presiden Soekarno beserta rombongan pada tanggal 1 Oktober 1965 pukul 23.30 telah meninggalkan Pangkalan Halim Perdanakusuma melalui jalan darat menuju Bogor.

Pada pukul 01.00 dinihari tanggal 2 Oktober 1965, Jenderal Soeharto memerintahkan kesatuan-kesatuan RPKAD dibantu oleh Batalyon 328 Kujang/Siliwangi, satu kompi tank dan satu kompi panser Kavaleri untuk membebaskan Pangkalan Halim.

Kepada pasukan-pasukan yang ditugasi dipesankan, agar dalam melaksanakan perintah ini sedapat mungkin menghindarkan pertumpahan darah serta menghindarkan pengrusakan terhadap benda-benda yang berguna.

Baca juga: Kunci Jawaban PKN Kelas 9 Halaman 150 Semester 2: Perjuangan Bangsa Indonesia

Demikianlah sekitar pukul 03.00 pagi, pasukan tersebut bergerak menuju sasaran yang telah ditentukan. Pada pukul 06.00 pagi, lapangan udara Halim telah dapat dikuasai kembali.

Namun karena luasnya kompleks Halim, kekuatan-kekuatan pemberontak ternyata tidak seluruhnya mengundurkan diri.

Gerakan penumpasan selanjutnya adalah menuju desa Lubang Buaya yang diperkirakan sebagai tempat pembunuhan terhadap 7 orang Perwira Tinggi Angkatan Darat. Tembak-menembak terjadi di Lubang Buaya antara RPKAD dengan satuan-satuan Yon 454, sehingga jatuh korban seorang gugur dan dua orang luka­-luka.

Pada pukul 14.00 gerakan pembersihan oleh satuan-satuan RPKAD dan Yon 328 Kujang di sekitar Cililitan dan Lubang Buaya dihentikan karena para pemberontak telah buyar melarikan diri ke luar kota.

Saat telah mengusai Halim dan bubarnya pasukan pemberontak, maka gagallah kudeta Gerakan 30 September yang didalangi PKI itu. Para pemimpin pemberontak meninggalkan Halim menuju ke Pondok Gede, dan selanjutnya menyelamatkan diri dari kejaran RPKAD.

Langkah untuk menumpaskan G30S PKI terus berlanjut dengan sejumlah operasi yang dijalankan. Di antaranya adalah operasi Trisula di Blitar Selatan serta Operasi Kikis di perbatasan Jawa Tengah dan Jawa Timur.

Melalui operasi penumpasan itu, para tokoh PKI berhasil ditangkap. Ketua PKI DN Aidit yang dituding sebagai dalang pemberontakan ditemukan tewas tertembak dalam operasi tersebut.