Sementara, sebagian tokoh PKI diadili di mahkamah Militer Luar Biasa (Mahmilub) dan beberapa lainnya dijatuhi hukuman mati.

- Pemberontakan Darul Islam dan Tentara Islam

Uraian Singkat Menumpas Pemberontakan:

Upaya penumpasan pemberontakan DI/TII di Aceh adalah melalui diplomasi pada Musyawarah Kerukunan Rakyat Aceh yang berlangsung pada tanggal 17-21 Desember 1962 dan dibentuknya kembali Aceh, sebagai provinsi berstatus daerah istimewa.

Melalui diplomasi, Daued Beureueh bersedia meletakkan senjata dan berdamai setelah provinsi Aceh kembali didirikan pada 1959.

- Pemberontakan Pemerintahan Revolusioner Republik Indonesia

Uraian Singkat Menumpas Pemberontakan:

Untuk menumpas pemberontakan ini, pemerintah melakukan operasi militer gabungan yang bernama Operasi Merdeka dipimpin oleh Letnan Kolonel Rukminto Hendraningrat. Operasi menumpas Permesta ini sangat kuat karena musuh memiliki persenjataan modern buatan Amerika Serikat terbukti dengan ditembaknya Pesawat Angkatan Udara Revolusioner (AUREV) yang dikemudikan oleh seorang warga negara Amerika Serikat.

Baca juga: Kunci Jawaban PKN Kelas 9 Halaman 145 Semester 2: Uji Kompetensi Bab 5

Pesawat itu ditembak pada tanggal 18 Mei 1958 di atas kota Ambon. Pada bulan Agustus 1958, pemberontakan Permesta baru dapat ditumpas. Kemudian pada tahun 1961, pemerintah membuka kesempatan kepada sisa-sisa pendukung Permesta untuk kembali ke Republik Indonesia.

- Pemberontakan Republik Maluku Selatan

Uraian Singkat Menumpas Pemberontakan:

Setelah pemerintah membentuk sebuah operasi militer, penumpasan pemberontakan RMS pun akhirnya dilakukan pada tanggal 14 Juli 1950, dan pada tanggal 15 Juli 1950, pemerintahan RMS mengumumkan bahwa Negara Republik Maluku Selatan sedang dalam bahaya.

Pada tanggal 28 September, pasukan militer yang diutus untuk menumpas pemberontakan menyerbu ke daerah Ambon, dan pada tanggal 3 November 1950, seluruh wilayah Ambon dapat dikuasai termasuk benteng Nieuw Victoria yang akhirnya juga berhasil dikuasai oleh pasukan militer tersebut.

Dengan jatuhnya pasukan RMS yang berada di daerah Ambon, maka hal ini membuat perlawanan yang dilakukan oleh pasukan RMS dapat ditaklukan.