Kemudian, ia diangkat menjadi Kepala Program dan Kerjasama Sub Balai Penelitian Hortikultura Jeneponto pada 1995-1996.

Masih di tahun yang sama, Fadjry Djufry mengemban jabatan sebagai Sekretaris Proyek SADP dan Peneliti BPTP Sulawesi Tenggara hingga tahun 1997.

Pada 2005, ia mengisi kursi jabatan Koordinator Program pada BPTP Kalimantan Selatan.

Tiga tahun kemudian, Fadjry Djufry terpilih sebagai Koordinator Program pada LPTP Sulawesi Barat.

Karier pria berusia 55 tahun itu semakin moncer.

Fadjry Djufry diangkat menjadi Kepala BPTP Papua periode 2008-2012.

Kemudian, ia diamanahi untuk menduduki posisi Kepala BPTP Sulawesi Selatan periode 2012-2015.

Pada 2015-2019, Fadjry Djufry terpilih sebagai Kepala Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan (Puslitbangbun).

Barulah di bulan Februari 2019, Fadjry Djufry menjabat sebagai Kepala Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian (Balitbangtan).

Selain itu, ia juga ditetapkan sebagai Peneliti Utama bidang Budidaya dan Produksi Tanaman di Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan (Puslitbangbun). 

Baca juga: Profil Zudan Arif Fakrulloh, Kini Jabat Kepala BKN, Hartanya Rp5,7 Miliar

Pada 25 Januari 2022, Fadjry Djufry resmi diangkat sebagai Profesor Riset ke-630 di tingkat nasional dan ke-159 di Kementerian Pertanian. 

Dalam kesempatan tersebut, ia menyampaikan orasi Profesor Riset dengan judul "Pengembangan Pertanian Cerdas Iklim Inovatif Berbasis Teknologi Budidaya Adaptif Menuju Pertanian Modern Berkelanjutan".

Selain memegang jabatan struktural di lingkungan Balitbangtan, Fadjry Djufry juga aktif di dunia akademis. 

Dikutip dari sdlp.bsip.pertanian.go.id, ia pernah mengajar sebagai Dosen Pasca Sarjana (S2) di Universitas Islam Makassar (2012-2015), Universitas Hasanuddin Makassar (2012-2015), dan Universitas Lambung Mangkurat di Banjarmasin (2005-2007).