Satu barisan shaf di dalam masjid ini cukup untuk memuat hingga 180 jemaah.

Makna dekoratif yang muncul dari bangunan mesjid ini memperlihatkan bahwa gedung tersebut adalah bangunan Islami. Masjid Raya Natuna memiliki ruang dalam yang sangat luas.

Dari data yang dirilis Wikipedia, bagian tengahnya diterangi oleh cahaya alami yang bersumber dari kubah masjid.

Bagian tepi pada lantai satu yang terteduhi lantai dua cukup gelap. Untuk meneranginya dibuat bukaan berupa karawang yang terletak di atas pintu masuk yang memilliki dimensi cukup besar.

Ruangan pada bagian ini diterangi oleh sedikit cahaya dari atas layaknya ruang-ruang gotik. Dari segi bentuk, pintu masuk ini memiliki geometrika lengkung yang bagian atasnya lancip.

Dua pintu utama yang terletak di sisi kiri dan kanan gedung menghadap ke kiblat, nampak mengarahkan nuansa ruang itu menjadi terfokus pada sumber yang seakan nampak ibaratkan cahaya Ilahi.

Latar belakang mihrab Masjid Raya di Natuna dibuat dari bahan kayu dengan bentuk yang cukup besar.

Geometrika nya juga terbentuk dari lengkung atau busur dengan pertemuan lancip di bagian tengah di posisi atasnya.

Latar mihrab tersebut didesain dengan labirin busur lancip hingga semakin memperkuat kesan gotik yang ada bagian tersebut.

Masjid Agung Natuna, tampak dari kejauhan.

Proses pembangunan Masjid Agung Natuna direncanakan sejak tanggal 13 Agustus 2006, sejak Bupati Kabupaten Natuna masih dipegang Daeng Rusnadi.

Setelah melalui proses perencanaan yang disesuaikan dengan arti filosofi dari pembangunan Masjid Raya dan Komplek Gerbang Utaraku, proses pembangunan fisik dimulai dengan peletakan batu pertama pada 4 Mei 2007.

Di sekitar kompleks NGU dan sekeliling masjid saat ini diisi oleh kantor-kantor Satuan Kerja Perangkat Daerah (SKPD) Kabupaten Natuna.

Pada awalnya bahkan direncanakan berdiri pusat perekonomian, pasar, terminal, Asrama STAI, Gedung Olah raga, dan lainnya sebagainya.