Melihat putrinya kembali, ia menjadi gembira, dan meminta Sayid Sulaiman menikahi putrinya sebagai ucapan terima kasih atas jasanya itu.

Namun, Sayid Sulaiman menolaknya, ia lebih memilih tinggal di Kanigoro dan tak berapa lama kemudian ia diambil menantu oleh Mbah Soleh Semendi. Sayid Sulaiman juga mempunyai istri dari Malang dan mempunyai seorang putra yang bernama Hazam.

Setelah menikah dengan putri kedua Mbah Soleh, Sayid Sulaiman kembali ke Cirebon. Tapi suasana Cirebon dan banten saat itu sedang terjadi kericuhan besar, dimana Sultan Ageng Tirtayasa sedang berperang dengan putranya sendiri yakni Sultan Haji (1681-1683).

Melihat pertikaian ini, Sayid Sulaiman kemudian kembali ke Pasuruan dan menetap di desa Gambir Kuning.Di Gambir Kuning ia mendirikan dua buah masjid dan sampai sekarang masjid itu masih ada dan mengalami sedikit perubahan pada lantai dan sebagian bangunan lainnya.

Rupanya kekeramatan Sayid Sulaiman kembali di dengar oleh Ratu Mataram, kembali ia memanggilnya untuk bertemu.

Ratu Mataram kemudian menurus salah satu Adipatinya untuk menemuinya dan mengajak Sayid Sulaiman untuk bertemu dengan sang ratu.

Bersama tiga orang santrinya yakin, Mbah Jaelani (Tulangan, Sidoarjo), Ahmad Surahim (putra Untung Surapati), dan Sayid Hazam (putranya) mereka berangkat ke Solo. Ratu Mataram pada waktu itu berembuk untuk mengangkat Sayid Sulaiman sebagai hakim, namun ia menolak dengan alasan akan meminta pertimbangan dan restu dari istri dan masyarakat yang ada di Pasuruan.

Tentu saja, mereka yang ada di Pasuruan tidak menyetujuinya. Sayid Sulaiman kemudian pamit kepada istrinya yang sedang hamil tua untuk pergi ke Solo. Namun di tengah perjalanan, tepatnya di kampung Batek, Mojoagung Jombang, ia jatuh sakit. Selama masa sakit, ia dirawat oleh seorang kiai bernama Mbah Alif sampai beliau wafat dan kemudian wafat dan di makamkan di sana.

Perjuangan Sayid Sulaiman dalam membabat kawasan timur pulau Jawa menjadi daerah yang sarat dengan nilai-nilai religius sudah tidak disangsikan lagi. Hasil jerih payahnya masih dapat kita saksikan sampai sekarang. Sayid Sulaiman berjasa mendirikan pesantren Sidogiri,s ebuah pesantren tertua di Jawa Timur dan menurunkan pewaris perjuangan, di mana anak keturunannya di kemudian hari banyak menjadi pemangku pesantren-pesantren besar di tanah Jawa, mulai dari pesantren Sidogiri (Pasuruan), Sidoresmo (Surabaya), Al Muhibbain (Surabaya) sampai Syaikhona Cholil (Bangkalan).

Sayid Sulaiman dari istri pertamanya di Krapyak (Pekalongan), ia dikaruniai empat putra yakni Hasan, Abdul Wahab, Muhammad Baqir (Galuran, Sidoarjo) dan Ali Akbar. Dari galur Abdul Wahab banyak keturunannya yang tinggal di Magelang dan Pekalongan. Sedangkan dari jalur Muhammad Baqir berada di Krapyak (Pekalongan).

Abdul Wahab dan Hasan (Pangeran Agung) dikenal sebagai pejuang yang gigih melawan penjajah Portugis dan Belanda. Melalui jalur Ali Akbar terlahir ulama-ulama pemangku pesantren di Jawa Timur seperti Sidogiri, Demangan (Bangkalan), dan Sidoresmo (Surabaya).

Sayid Ali Akbar meninggalkan enam putra yakni Imam Ghazali (Tawunan, Surabaya), Sayid Ibrahim (Kota Pasuruan), Sayid Badrudin (makamnya di sebelah Tugu Pahlawan, Surabaya), Sayid Iskandar (Bungkul, Surabaya), Sayid Abdullah (Bangkalan, Madura), Sayid Ali Ashghar (Sidoresmo).

Dari Sayid Abdullah inilah menurunkan para pemangku pesantren Sidogiri dan Demangan (Bangkalan) yang memiliki puluhan ribu santri. Keturunan dari Sayid Ali Ashghar di Surabaya banyak tinggal di Sidoresmo dan Sidosermo. Sekarang, di dua desa itu terdapat sekitar 28 pondok pesantren dan semuanya adalah anak keturunan dari Sayid Sulaimain. Sayid Ali Asghar juga menurunkan ulama-ulama pemangku pesantren di Tambak, Yosowilangon. Dari istri kedua, putri mbah Soleh Semendi Sayid Sulaiman menurunkan Sayid Ahmad (Lebak, Pasuruan). Dari istri ketiganya di Malang, ia mempunyai satu putra, Sayid Hazam.