Karier politiknya juga melesat naik lantaran di tahun 1998, ia menjadi Menteri Negara Investasi/Kepala Badan Koordinasi Penanaman Modal (BKPM) pada kabinet Presiden Habibie.

Namun, pada tanggal 10 Mei 1999, ia mengundurkan diri dari jabatan menteri karena desakan masyarakat yang meminta pimpinan partai tidak duduk sebagai menteri.

Di Pemilu 1999 saat Presiden Gus Dur terpilih, Hamzah diangkat menjadi Menteri Koordinator Bidang Kesejahteraan Rakyat dan Pengentasan Kemiskinan.

Gejolak kembali timbul.

Ia pun kembali mengundurkan diri pada November 1999 dan kembali berkonsentrasi penuh menjadi pemimpin partai.

Di luar rencana, pada tahun 2001, Hamzah terpilih sebagai Wakil Presiden ke-9 RI melalui Sidang Istimewa (SI) MPR.

Dalam pidato usai pelantikannya sebagai wapres, Hamzah bertekad akan menjalin hubungan dengan Presiden Megawati sehingga bisa membentuk pemerintahan yang efektif.
Padahal saat itu, tidak sedikit ulama yang mengharamkan perempuan menjadi Presiden.

Ketika masa jabatannya selesai pada 2004, Hamzah Haz kembali mencalonkan diri sebagai presiden didampingi Agum Gumelar sebagai wakilnya, tetapi nasib baik belum berpihak kepadanya.

Apapun itu, beliau adalah sosok santri, ulama, guru bangsa yang berjuang lewat jalur politik.

Selamat jalan guru bangsa, semoga bahagia disisi-Nya. Amin.

Penulis adalah Alumni Pondok Pesantren Lirboyo, Kediri; Alumni Universitas Al-Azhar, Mesir, Dept. Theology and Philosophy; Alumni Universiti Kebangsaan Malaysia, Dept. Politic and Strategy; Alumni Universiti Malaya, Dept. International Strategic and Defence Studies; Pengasuh Pondok Pesantren Bina Insan Mulia, Cirebon; Wakil Ketua Pimpinan Pusat Rabithah Ma’ahid Islamiyah (Asosiasi Pondok Pesantren se-Indonesia); Pengurus Besar Nahdlatul Ulama (PBNU) Periode 2010-2015.