Tahun 2002, ia diangkat menjadi anggota Komisi Pengawas Persaingan Usaha (KPPU).

Faisal Basri juga terjun ke dunia politik dengan mendirikan Majelis Amanah Rakyat (Mara).

Mara merupakan cikal bakal Partai Amanat Nasional (PAN).

Di partai berlambang matahari itu, Faisal Basri mengemban tugas sebagai Sekretaris Jendera (Sekjen) periode 1998-2000.

Pada 2000, ia keluar dari partai yang saat itu dipimpin Amien Rais dan mendirikan organisasi Pergerakan Indonesia yang mencita-citakan politik bersih, berkarakter, dan berideologi.
Sejumlah tokoh ikut mendirikan organisasi tersebut, antara lain Budiman Sudjatmiko dan Faisol Reza.

Budiman Sudjatmiko sempat bergabung dengan PDIP tapi kemudian dipecat, sedangkan Faisol Reza merupakan politisi Partai Kebangkitan Bangsa (PKB).

Pada Oktober 2011, Faisal Basri menggandeng Biem Benyamin, putra tokoh legendaris Betawi Benyamin Sueb untuk mencalonkan diri sebagai calon Gubernur DKI Jakarta dari jalur independen.

Namun, ia tidak berhasil memenangkan Pilkada 2012 sebab mendapat suara lebih sedikit dari Joko Widodo, Fauzi Bowo, dan Hidayat Nur Wahid.

Namun, pasangan ini mendapatkan lebih banyak suara ketimbang Alex Noerdin dan Hendardji Soepandjo.