Berita lain yang tak kalah mengkhawatirkan adalah tidak mulusnya integrasi sistem senjata pada F-35.
Peluncuran rudal BVR AIM-120AMRAAM dari F-35 mengalami banyak kendala dimana tiga dari enam pengujian dinyatakan hanya berhasil sebagian atau malah gagal.
Kompatibilitas software juga menjadi bahan tertawaan, dimana saat problem kompatibilitas software untuk AIM-132 ASRAAM dibereskan, malah muncul problem pada kompatibilitas dengan AIM-9X Sidewinder.
Pembersihan Bug atau patching untuk bom Paveway IV justru memunculkan bug lain untuk GBU-31.
Sensor di dalam F-35 pun konon tidak dapat menunjukkan koordinat yang akurat untuk serangan bom pintar.
Dalam beberapa kasus, sistem Early Warning tidak bisa menunjukkan posisi radar musuh dengan tepat. Kalau begini caranya, kapan F-35 benar-benar bisa terwujud jadi pesawat super yang bisa bertugas di garis depan?