"Satuan dan individu di bawah komando Skuadron Khusus harus segera menghentikan kegiatan dan operasi militer dan menempatkan diri mereka di bawah komando atasan terdekat. Ketika tidak ada perwira yang dapat ditemukan, mereka harus berkomunikasi dengan pasukan Amerika atau Filipina dan mengikuti arahan mereka."
Dengan demikian, Onoda dibebaskan dari tugasnya, dan dia menyerah.
Onoda menyerahkan pedangnya, senapan Arisaka Tipe 99 yang berfungsi, 500 butir amunisi dan beberapa granat tangan, serta belati yang diberikan ibunya pada tahun 1944 untuk bunuh diri jika dia tertangkap.
Pada hari penyerahannya, 11 Maret 1974, Presiden Filipina Marcos sempat menemuinya pula.
Sampai di Jepang Onoda masih menyebarkan ceritanya kepada masyarakat, membentuk sekolah mata-mata.
Pemerintah Jepang menawarinya sejumlah besar uang sebagai pembayaran jasanya sebagai pejuang tentara Jepang yang kembali, namun ditolaknya.
Ketika didesak padanya oleh simpatisan, dia menyumbangkan uangnya ke Kuil Yasukuni, tempat penghormatan abu jenazah disimpan para pejuang Perang Dunia II para tentara Jepang.
Onoda dilaporkan tidak senang menjadi subyek begitu banyak perhatian dan terganggu oleh apa yang dilihatnya sebagai layunya nilai-nilai tradisional Jepang.
Pada bulan April 1975, dia mengikuti teladan kakak laki-lakinya Tadao dan meninggalkan Jepang menuju Brasil, tempat dia memelihara ternak.
Ia menikah pada tahun 1976 dan mengambil peran utama di ColĂ´nia Jamic (Jamic Colony), komunitas Jepang di Terenos, Mato Grosso do Sul, Brasil.
Onoda juga mengizinkan Angkatan Udara Brasil untuk melakukan pelatihan di tanah yang dimilikinya.
Setelah membaca tentang seorang remaja Jepang yang telah membunuh orang tuanya pada tahun 1980, Onoda kembali ke Jepang pada tahun 1984 dan mendirikan kamp pendidikan Onoda Shizen Juku ("Sekolah Alam Onoda") untuk kaum muda, yang diadakan di berbagai lokasi di Jepang.
Baca: Mengangkat Karung Beras Seberat 60 Kg, Salah Satu Menu Pelatihan Ninja Jepang
Onoda mengunjungi kembali Pulau Lubang pada tahun 1996, menyumbangkan 10.000 dolar AS kepada sekolah setempat di sana.
Istrinya, Machie Onoda, menjadi kepala Asosiasi Wanita Jepang yang konservatif pada tahun 2006.