Peringatan itu berlaku untuk warga negara Jepang di Indonesia, Filipina, Singapura, Malaysia, Thailand, dan Myanmar.
Peringatan itu menimbulkan kebingungan di beberapa negara tersebut.
Mereka mengatakan tidak mengetahui ancaman semacam itu, atau rincian dari Jepang mengenai sumber informasinya.
Tanee Sangrat, juru bicara Kementerian Luar Negeri Thailand, mengatakan Jepang tidak mengungkapkan asal usul peringatan tersebut.
Kedutaan Besar Jepang juga tidak memiliki rincian lebih lanjut.
Badan keamanan Thailand tidak memiliki informasi mereka sendiri tentang kemungkinan ancaman, kata wakil juru bicara polisi Kissana Pathanacharoen.
Demikian pula, Departemen Luar Negeri Filipina mengatakan tidak mengetahui adanya informasi tentang peningkatan tingkat ancaman.
Sementara itu, juru bicara Kementerian Luar Negeri Indonesia Teuku Faizasyah membantah bahwa ada peringatan bahkan dikirim ke warga Jepang di sana.
Polisi Malaysia juga belum menerima informasi atau mendeteksi ancaman keamanan, kata kepala polisi nasional Acryl Sani Abdullah Sani.
Dalam peringatan singkat itu, Jepang mendesak warganya untuk memperhatikan berita dan informasi lokal dan berhati-hati.
Namun, Jeoang tidak memberikan kerangka waktu tertentu atau detail lainnya.
Kementerian Luar Negeri Jepang menolak untuk memberikan sumber informasi.
Dikatakan peringatan itu telah dikirim ke kedutaan besarnya di negara-negara yang bersangkutan untuk dibagikan kepada warga negara Jepang.
(Tribunnews.com/Yurika/Richard Susilo)