Saksi mata mengaku mendengar setidaknya 12 kali ledakan.
Departemen Kesehatan Krimea mengatakan satu warga sipil tewas dan delapan lainnya terluka.
Kementerian Pertahanan Rusia bersikeras bahwa ledakan itu disebabkan oleh amunisi yang meledak di sebuah toko, namun tidak menyulut api.
Penasihat presiden Ukraina, Mykhailo Podolyak, membantah Kyiv bertanggung jawab atas insiden tersebut.
Setiap serangan ke Krimea oleh Ukraina akan direspons serius oleh Moskow.
Bulan lalu, mantan presiden Rusia Dmitry Medvedev mengancam akan terjadi "hari kiamat" jika Ukraina berani menargetkan Krimea.
Dalam pidatonya pada Selasa malam, Zelensky membahas Krimea namun tidak menyinggung soal serangkaian ledakan di pangkalan militer Rusia.
"Kami tidak akan lupa bahwa perang Rusia melawan Ukraina dimulai dengan pendudukan Krimea."
"Perang Rusia ini dimulai dengan Krimea dan harus diakhiri dengan Krimea - dengan pembebasannya," tegasnya.
Rusia Caplok Krimea
Baca juga: Rusia Rekrut Napi Pembunuhan untuk Perang, Janjikan Amnesti hingga Bayar Nyawa Mereka dengan Rp1,2 M
Moskow mencaplok Krimea pada Maret 2014, setelah wilayah yang mayoritas warganya berbahasa Rusia itu, memilih bergabung dengan Rusia dalam sebuah referendum.
Namun referendum tersebut dipandang tidak sah oleh Ukraina dan Barat.
Pemungutan suara dalam referendum dilakukan secara cepat, setelah pasukan Rusia mengambil alih sejumlah titik strategis di sekitar semenanjung tersebut.
Protes pro-Eropa pecah selama berbulan-bulan menyusul pencaplokan Krimea.
Buntutnya, terjadi penggulingan presiden Ukraina yang didukung Rusia.
(Tribunnews/Ika Nur Cahyani)