Diduga berafiliasi dengan Al Qaeda, kelompok ini ditetapkan sebagai organisasi terlarang oleh Pengadilan Negeri Jakarta pada tahun 2008 setelah beberapa serangan teror oleh individu yang bertindak atas nama kelompok tersebut.
JI mengalami beberapa perpecahan yang mengakibatkan munculnya organisasi-organisasi yang didirikan oleh orang-orang yang tidak puas dengan keputusan-keputusan petinggi JI. Abu Bakar Bashir sendiri meninggalkan JI dan membentuk Majelis Mujahidin Indonesia (MMI) pada tahun 2000 sebelum mengundurkan diri pada tahun 2008 setelah terjadi pertikaian internal.
Amerika Serikat pada tahun 2017 menetapkan MMI sebagai Teroris Global yang Ditunjuk Khusus (SDGT) karena dugaan hubungannya dengan gerakan Al Qaeda dan Front Al Nusra.
AS memandang kelompok ini sebagai kelompok yang berisiko tinggi melakukan aksi terorisme, meskipun MMI telah membantah memiliki hubungan dengan kelompok teror.
Sumber: CNA