Tujuh tuntutan atas Hambali juga berkaitan dengan serangan itu.
Penyiksaan pada interogasi
Pakar terorisme dari Australian National University (ANU) Greg Fealy mengatakan berkas tuntutan itu penting karena menyediakan penjelasan tentang operasi jihad pada awal 2000an.
Hambali telah ditahan di Teluk Guantanamo sejak 2006. Ia ditahan pada 2003, dan dipegang oleh CIA selama tiga tahun.
Ia disiksa secara berat pada tahun-tahun awal, yang menurut Dr Fealy mungkin menjadi bagian dari alasan kenapa tuntutan itu baru terjadi sekarang.
"Ia perlu beberapa tahun untuk pulih secara psikologis, jika tidak secara fisik, dari beragam interogasi yang parah — katakanlah penyiksaan — yang ia tanggung," kata Dr Fealy.
"Satu hal yang jelas: ia subjek interogasi yang sangat keras dan teknik penyiksaan, dan ada beberapa laporan yang menyebutkan ini mengakibatkan ia trauma secara mendalam dalam berbagai tingkatan.
"Sekarang ia telah dituntut yang menunjukkan kondisi mentalnya cukup untuk ia secara sah berdiri menghadapi pengadilan."
Hambali juga tahanan Guantanamo pertama yang dituntut di bawah administrasi Presiden AS Donald Trump.
Mantan presiden Former Barack Obama pernah menginginkan agar penjara militer ini ditutup.