Pimpinan Pondok Pesantren Al-Mukmin Ngruki, Sukoharjo, Jawa Tengah tersebut diketahui ditangkap Densus 88 Antiteror Polri di Banjar Patroman, Ciamis, Jawa Barat, Senin (9/8/2010).
Ia ditangkap ketika dalam perjalanan pulang menuju Jawa Tengah setelah mengisi sejumlah pengajian di jawa Barat.
Saat itu, Abu Bakar Baasyir dituding terlibat dalam perencanaan dan pendanaan pelatihan paramiliter di Aceh.
Setelah melalui proses penyidikan, akhirnya Abu Bakar Baasyir menghadapi sidang perdana di Pengadilan Negeri Jakarta Selatan, Kamis 10 Februari 2011.
Saat itu, Baasyir didampingi 32 pengacara yang tergabung dalam Tim Pengacara Muslim (TPM).
Dalam sidang perdananya, Jaksa Penuntut Umum (JPU) membacakan 93 halaman dakwaan untuk Pimpinan Jamaah Anshorut Tauhid (JAT) tersebut.
Baca juga: Profil Abu Bakar Baasyir, Berulang Kali Dipenjara Terkait Kasus Terorisme Hingga Akhirnya Bebas
Baasyir didakwa dengan tujuh pasal berlapis.
Kemudian, Senin 9 Mei 2011, jaksa menuntut Abu Bakar Baasyir dengan hukuman seumur hidup.
Pada Kamis 16 Juni 2011, majelis hakim Pengadilan Negeri Jakarta Selatan memvonisnya 15 tahun penjara.
Majelis hakim menilai Amir Jamaah Anshorud Tauhid atau JAT itu terbukti terlibat pelatihan militer kelompok teroris di Aceh.
Vonis itu dibacakan Herri Swantoro, ketua majelis hakim sekitar pukul 13.45.
Herri didampingi empat hakim anggota, yakni Aksir, Sudarwin, Haminal Umam, dan Ari Juwantoro.
"Menjatuhkan pidana dengan penjara selama 15 tahun. Menetapkan masa penahanan dikurangkan dari pidana yang dijatuhkan," kata Herri.
B'asyir telah ditahan selama 10 bulan di Rumah Tahanan Bareskrim Polri.
Dalam pertimbangannya, hakim tidak sependapat dengan tuntutan jaksa bahwa Baasyir terbukti merencanakan atau menggerakkan serta mengumpulkan dana untuk pelatihan militer di Aceh sesuai dakwaan lebih subsider.
Baca juga: Siapa Pemilik Jam Tangan yang Terjatuh Saat Abu Bakar Baasyir ke Luar dari Lapas Gunung Sindur?