Pada saat tiba di pelabuhan debarkasi dan atau pelabuhan embarkasi, pelaku perjalanan harus melakukan tes RT-PCR ulang dan diwajibkan menjalani karantina terpusat selama 5x24 jam dengan biaya ditanggung oleh pemerintah bagi WNI (pekerja migran, pelajar/ mahasiswa atau pegawai pemerintah yang kembali dari perjalanan dinas luar negeri) dan biaya mandiri bagi WNA.
Kewajiban karantina dikecualikan bagi penumpang WNA pemegang visa diplomatik dan visa dinas yang terkait dengan kunjungan resmi kenegaraan pejabat asing setingkat menteri keatas dan penumpang WNA yang masuk ke Indonesia melalui skema TCA sesuai prinsip resiprositas dengan tetap menerapkan protokol kesehatan.
Setelah masa karantina selesai, pelaku perjalanan harus melakukan tes ulang. Jika hasilnya negatif, penumpang bisa meneruskan perjalanan ke tempat tujuan masing-masing namun tetap dihimbau untuk melakukan karantina selama 14 hari. Namun, jika menunjukan hasil positif, WNI melakukan perawatan di rumah sakit dengan biaya ditanggung oleh pemerintah dan WNA dengan biaya mandiri.
3. Aturan awak kapal
Awak kapal dari kapal niaga baik WNI maupun WNA yang memasuki wilayah pelabuhan di Indonesia dari luar negeri tidak diizinkan untuk turun dari kapal kecuali dalam keadaan kedaruratan dan mendesak. Untuk awak kapal yang melakukan pergantian dan pemulangan akan diberlakukan aturan yang sama dengan pelaku perjalanan internasional.
Awak kapal WNA yang akan bergabung ke kapal (sign on) diwajibkan mengikuti protokol kesehatan seperti yang diwajibkan bagi pelaku perjalanan.
Kemenhub mewajibkan kapal WNI yang akan bergabung ke kapal, mengikuti tes RT-PCR dan menjalankan karantina selama 5 hari di tempat karantina yang bersertifikasi dengan biaya dari perusahaan pelayaran.