Kemudian pada tahun 2003-2006, ia tercatat sebagai anggota Kelompok Indonesia untuk Reformasi Sektor Keamanan yang diselenggarakan oleh Pro Patria untuk meninjau Strategi Keamanan Nasional Indonesia pada tahun 2003-2006.
Lalu pada tahun 2005-2006, ia menjadi anggota pada Kelompok Kerja Indonesia di Militer Restrukturisasi Bisnis yang diselenggarakan oleh Indonesia Institute.
Andi berperan dalam perumusan rekomendasi kebijakan untuk restrukturisasi bisnis militer di Indonesia.
Di tahun yang sama, Andi Widjajanto juga menjabat sebagai Koordinator Proyek dan Fasilitator Kelompok Kerja Indoensia untuk Reformasi Intelijen yang diselenggarakan oleh PACIVIS terkait rumusan RUU Intelijen Nasional.
Ia pun pernah juga menjadi dosen di SESKO TNI untuk melakukan postur pertahanan dan Strategis Kepemimpinan Modul.
Pada tahun 2006, Widjajanto menjadi anggota Tim Penelitian "Sistem Pertahanan Nasional Project" yang diselenggarakan oleh Badan Pembinaan Hukum Nasional, Departemen Hukum Dan Perundang-Undangan untuk meninjau Sistem Pertahanan Nasional Indonesia..
Andi menjadi anggota Kelompok Kerja Indonesia untuk Reformasi Sektor Keamanan, yang diselenggarakan oleh Pro Patria untuk merumuskan RUU Keamanan Nasional selama 2006-2007.
Baca juga: Pengamat Nilai Penunjukan Andi Widjajanto sebagai Gubernur Lemhannas Sudah Tepat
Selama tahun-tahun ia menjadi anggota dari DoD Task Force for Strategic Defense Review 2006-2007 untuk merumuskan Strategic Defense Review 2007.
Pada tahun 2007, ia menjadi anggota dari Tim Penelitian "Politik Kebijakan Keamanan Nasional" yang diselenggarakan oleh Badan Pembinaan Hukum Nasional, Departemen Hukum Dan Perundang-Undangan untuk merumuskan rekomendasi kebijakan untuk membangun sistem keamanan nasional Indonesia
Andi juga sempat menjadi dosen di Sekolah Strategi Perang Semesta, SESKOAD (Angkatan Darat Sekolah Staf dan Komando) untuk mengkoordinasikan kuliah tentang Modul postur pertahanan Indonesia dan anggota DoD Task Force for Defense White Paper 2007 untuk merumuskan Defense White Paper di Indonesia 2007.
Pada 2008 Andi menjadi anggota pada Kelompok Kerja Indonesia di Militer Restrukturisasi Bisnis, diselenggarakan oleh Indonesia Institute untuk merumuskan rekomendasi kebijakan restrukturisasi bisnis militer di Indonesia.
Ditambah kemudian menjad panitia Seminar Nasional Sistem Pertahanan Nasional Abad 21, yang diselenggarakan oleh SESKOAD, TNI-AD untuk merumuskan rekomendasi kebijakan sistem pertahanan nasional untuk abad ke-21.
(Tribunnews.com/MilaniResti/Taufik Ismail)(Tribunnewswiki.com/Bangkit N)