PKNU yang berdiri sejak tahun 1996 merupakan penggabungan dari dua universitas ternama, yaitu Universitas Perikanan Nasional Pusan dan Universitas Teknologi Nasional Pusan. PKNU pun telah dianugerahi sebagai salah satu universitas terbaik untuk programnya di Sains dan Teknologi, khususnya dalam beberapa proyek di Radiologi.

Pada tahun 2003, PKNU terpilih sebagai Regional Research Center (RRC) oleh National Research Foundation of Korea (Advanced Environmentally Friendly Energy Development Center). Kampus ini telah melakukan reorganisasi selama beberapa kali dari tahun 2003 hingga 2019 di mana dalam pengaturan terakhir, PKNU menetapkan hanya ada 1 Divisi (2 Jurusan) dan 24 Departemen.

Gelar kehormatan dari PKNU menjadi gelar Doktor Honoris Causa kedua bagi Puan.

Sebelumnya, cucu Bung Karno itu meraih gelar Doktor Honoris Causa dari Universitas Diponegoro dalam bidang Kebudayaan dan Kebijakan Pembangunan Nasional pada tahun 2020.