Keluarganya terusir dari Jerman meski berasal dari keluarga bangsawan.
Sebelumnya, mereka tinggal di Kastil Eckersdorf.
Pada 1945, keluarga Magnis mengungsi ke Cekoslowakia Barat dan tiga tahun kemudian, sang ayah dibebaskan.
Keluarga Romo Magnis pun kembali berkumpul di Jerman Barat.
Selepas menyelesaikan pendidikan setingkat SMA, Romo Magnis masuk dan bergabung dengan Serikat Jesuit.
Serikat Jesuit adalah ordo dalam Gereja Katolik Roma yang dikenal disiplin.
Pada 1955, ia menempuh pendidikan ilmu kerohanian di Jerman.
Serikat Jesuit membuat Magnis dikirim ke Indonesia untuk melakukan pengabdian pada usia 25 tahun pada Januari 1961.
Ia pun tinggal di Kulon Progo, DIY sembari menempuh pendidikan di Institut Filsafat Teologi Yogyakarta.
Di daerah tersebut, ia belajar bahasa dan budaya Jawa yang berpadu dengan Katolik.
Setelah ditahbiskan menjadi pastor pada 1967, ia ditugaskan untuk belajar filsafat di Jerman hingga meraih gelar doktor di bidang filsafat.
Pada 1977, ia resmi menjadi Warga Negara Indonesia dan menambah nama dengan nama Indonesia.
Sejak saat itulah namanya berubah menjadi Franz Magnis-Suseno.
Romo Magnis juga berteman baik dengan Presiden ke-4 RI, Abdurrahman Wahid atau Gus Dur.