- Komandan KRI Nanggala-402 (2004);
- Pasops Satsel Koarmatim (2006);
- Pabandya Renstra Ban I Renstra Srena Kasal (2006);
- Asops Lantamal VI Makassar (2009);
- Komandan Satsel Koarmatim (2010);
- Komandan Lanal Dumai (2011);
- Ajudan Wapres RI (2012);
- Kepala Staf Guskamlabar (2014);
- Pati Sahli Kasal Bid. Ekojemen (2015);
- Staf Khusus KSAL (2015);
- Komandan Guskamlabar (2015);
- Waasrena KSAL (2017);
- Gubernur AAL (2018);
- Koorsahli KSAL (2019);
- Pangkoarmada I (2019);
- Asrena KSAL (2020);
- Pangkogabwilhan I (2021)';
- KSAL (2022).
Muhammad Ali juga mendapat sejumlah tanda jasa, antara lain:
- Bintang Yudha Dharma Nararya;
- Bintang Jalasena Nararya;
- Satyalencana Kesetiaan XVI dan XXIV;
- Satyalencana Kesetiaan Dwidya Sistha dan Dwidya Sistha 1;
- Satyalencana Kebaktian Sosial;
- Satyalencana Wira Dharma;
- Satyalencana Dharma Nusa.