Ketika Abdurrahman Wahid diangkat menjadi presiden menggantikan B. J. Habibie, Hamzah Haz kembali menduduki kursi menteri.
Ia diangkat sebagai Menko Kesejahteraan Rakyat dan Pengentasan Kemiskinan pada 29 Oktober 1999.
Namun ia hanya menjabat selama 2 bulan.
Hamzah Haz beralasan ingin konsentrasi pada partainya, PPP.
Namun beberapa sumber dari istana mengatakan Gus Dur mencoretnya.
Keluar dari kabinet Gus Dur, Hamzah Haz menjadi kritikus yang vokal terhadap pemerintah.
Namun di samping itu, ia juga terkenal sebagai politikus yang lihai berkompromi.
Menjadi pemegang kekuasaan tertinggi di partai terbesar ketiga di parlemen saat itu membuat Hamzah Haz ditunjuk sebagai wakil presiden mendampingi Megawati Soekarnoputri pada 26 Juli 2001.
Sebelumnya, untuk meraih kursi wakil presiden ia harus bersaing dengan kandidat lain yang juga cukup kuat seperti Akbar Tandjung, Susilo Bambang Yudhoyono, Agum Gumelar, serta Siswono Yudo Husodo.
Berikut rekam jejak karier Hamzah Haz dikutip dari TribunnewsWiki:
- Guru SM Ketapang (1960 – 1962)
- Wartawan surat kabar Bebas, Pontianak (1960 – 1961)
- Pimpinan Umum Harian Berita Pawau, Kalimantan Barat
- Ketua Badan Pemeriksa Induk Koperasi Kopra Indonesia (1965 – 1970)