Usai menjabat sebagai Wakapolda Papua, Mathius naik menjadi Kapolda mulai Februari 2021 hingga saat ini.
Kiprahnya di Bumi Cendrawasih dalam menjaga keamanan dan ketertiban juga masih dipertahankan.
Beberapa kasus yang diungkap yakni penegakan hukum terhadap KKB Puncak Ilaga, KKB Puncak Jaya, KKB Paniai dan lainnya.
"Ada juga pengungkapan kasus pembunuhan dengan modus mutilasi terhadap 4 OAP (Orang Asli Papua) dengan tersangka 11 orang," ucapnya.
Selanjutnya ada pengungkapan kasus pembunuhan terhadap Maiklein Kurisi Doga, aktivis perempuan asal Papua dan pengamanan penyelenggaraan PON XX tahun 2021.
"Pada pelaksanaan PON XX, Kapolda Papua dengan sukses mengamankan penyelenggaraan dari ancaman aksi teror bom jaringan KKB dan seluruh atlet, official dan panitia serta warga aman dari penyebaran Covid-19," ujarnya.
Trunoyudo menuturkan Kapolda Papua pun berhasil mengawal kebijakan pemerintah dalam perubahan UU Otonomi Khusus (Otsus) dan lahirnya DOB (Daerah Otonomi Baru) di Papua.
Komjen Mathius D Fakhiri dinilai dapat menjaga situasi Kamtibmas di Papua sehingga situasi sangat kondusif dan aman.