Baca tanpa iklan
Pada bagian depan Masjid terdapat gapura yang bercorak Hindu. Selain untuk menghormati warga sekitar yang pada saat itu masih menganut Hindu, keberadaan gapura tersebut juga untuk menarik warga sekitar agar berkunjung ke Masjid.
Selain pada depan masjid, gapura paduraksa juga berada pada sisi utara dan selatan masjid. Di halaman masjid terdapat dua bangsal pecaosan dengan atap berbentuk limasan pada sisi utara dan selatan masjid.
Di komplek masjid Gede Kotagede juga terdapat komplek makam pendiri kerajaan Mataram Islam.
Bangunan makam terdiri dari 3 bagian yaitu bagian depan disebut Prabayaksa, bagian tengah (Witana), dan bagian belakang (Tajug). Bangunan ini dikelola oleh keraton Surakarta dan Yogyakarta.
Bangunan Prabayaksa dikelola oleh keraton Surakarta, dan bangunan Witana dan Tajug dikelola oleh keraton Yogyakarta.
Di dalam bangunan Prabayaksa terdapat 64 makam diantaranya makam Sultan Sedo ing Krapyak.
Di dalam bangunan Witanan terdapat 15 makam, di antaranya makam Kyai dan Nyai Ageng Pemanahan yang merupakan cikal bakal kerajaan Mataram Islam, makam Panembahan Senopati, dan makam Ki Juru Mertani.
Di dalam bangunan Tajug hanya terdapat tiga buah makam yaitu makam Nyai Ageng Enis, makam Pangeran Joyoprono, dan makam Datuk Palembang.