Selain itu, dirinya pernah mondok di Pondok Pesantren Roudlotul Mubtadiin Balekambang Jepara yang pada saat ini diasuh oleh KH.Abdullah Hadziq bin Hasbullah.

Adapun nama-nama guru Habib Luthfi bin Yahya saat itu:

- Al Alim al ‘Alamah Sayid Ahmad bin ‘Ali bin Al Alamah al Qutb As Sayid ‘Ahmad bin Abdullah bin Thalib al Athas

- Sayid al Habib al ‘Alim Husain bin Sayid Hasyim bin Sayid Umar bin Sayid Thaha bin Yahya (pamannya sendiri)

- Sayid al ‘Alim Abu Bakar bin Abdullah bin ‘Alawi bin Abdullah bin Muhammad al ‘Athas Bâ ‘Alawi

Baca juga: Deretan Pejabat di Pemerintahan Jokowi yang Masuk TKN Prabowo-Gibran, dari Wantimpres hingga Menteri

- Sayid ‘Al Alim Muhammad bin Husain bin Ahmad bin Abdullah bin Thalib al ‘Athas Bâ ‘Alawi.

Habib Luthfi bin Yahya juga pernah mondok di pondokl pesantren Benda Kerep Cirebon, Indramayu, Purwokerto, hingga Tegal.

Setelah itu ia melanjutkan ke Mekkah, Madinah, hingga negara-negara lainnya.

Dari guru-guru tersebut, ia mendapat ijazah Khas (khusus), dan juga ‘Am (umum) dalam Da’wah dan nasyru syari’ah (menyebarkan syari’ah), thariqah, tashawuf, kitab-kitab hadits, tafsir, sanad, riwayat, dirayat, nahwu.

Adapun Kitab-kitab tauhid, tashwuf, bacaan-bacaan aurad, hizib-hizib, kitab-kitab shalawat, kitab thariqah, sanad-sanadnya, nasab, kitab-kitab kedokteran, dan ijazah untuk membai’at.

Riwayat Pendidikan 

- Sekolah Rakyat di Pekalongan (1953-1960)

- Madrasah Salafiyah di Pekalongan (1960-1963)

- Pondok Pesantren Benda Kerep, Cirebon (1960-1964)