Dalam birokrasi pemerintahan RI, Hendropriyono pernah memangku berbagai jabatan yang berturut-turut.

Yakni ia pernah menjabat sebagai Sekretaris Pengendalian Operasional Pembangunan Republik Indonesia (1996-1998), Menteri Transmigrasi dan Pemukiman Perambah Hutan (PPH) dalam Kabinet Pembangunan VII.

Selain itu ia juga dipercaya menjadi Menteri Transmigrasi dan PPH dalam Kabinet Reformasi Pembangunan yang kemudian merangkap sebagai Menteri Tenaga Kerja ad-interim.

Karier Intelijen

Pada periode tahun 2001-2004 sebagai Kepala Badan Intelijen Negara (BIN) di Kabinet Gotong Royong.

Banyak hal yang ia ciptakan di dunia intelegen, mulai dari penggagas lahirnya Sekolah Tinggi Intelijen Negara (STIN) di Sentul, Bogor, Dewan Analis Strategis (DAS) Badan Intelijen Negara, Sumpah Intelijen, Mars Intelijen,.

Hendropriyono juga menetapkan hari lahir badan intelijen, mencipta Logo dan Pataka BIN, mempopulerkan bahwa intelijen sebagai "ilmu" dan menggali "filsafat intelijen", serta menggagas berdirinya tugu Soekarno-Hatta di BIN.

Sekarang ini Hendropriyono menjadi pengamat terorisme dan intelijen.

Tidak heran jika ia kerap diminta untuk menjadi narasumber oleh media massa dan berbagai lembaga, giat menulis bermacam pemikirannya dalam artikel-artikel di berbagai koran, majalah, radio dan televisi.

Ketika menjadi Kepala BIN, Hendropriyono juga mendirikan Sekolah Tinggi Intelijen Negara di Sentul, Bogor.