Sebanyak 206 anggota polisi diturunkan untuk melakukan penggerebakan secara serentak, termasuk di kediaman keluarga besar Soeharto di Jalan Cendana, Jakarta.

Salah satu target penggerebekan adalah menemukan bunker yang diduga menjadi tempat persembunyian Tommy.

Awalnya, pencarian tidak berlangsung dengan mudah.

"Kami sudah cari dengan berbagai cara, termasuk mengangkat karpet- karpet, mengetuk-ngetuk dinding, dan membuka semua lemari, tetapi kami tidak menemukan pintu masuk ke bunker atau ruang bawah tanah," kata Tito Karnavian.

Pencarian bunker itu pun kemudian membuahkan hasil setelah beberapa bulan pencarian.

Pada 16 Januari 2001, polisi membongkar lantai rumah Tommy di Jalan Cendana Nomor 12, Jakarta.

Menurut Tito, pembongkaran lantai dilakukan bukan untuk mencari Tommy, namun untuk memastikan ada ruang persembunyian khusus.

Dengan demikian, jika ada pemeriksaan lagi maka pencarian ruang bawah tanah yang diduga jadi tempat persembunyian terpidana tukar guling PT Goro-Bulog itu tidak akan luput dilakukan.

Ruang itu diketahui berukuran 4x4 meter di kedalaman 3 meter.

Saat ditemukan polisi, ruangan tampak rapi dan tidak penuh debu. Ada lemari dan kitchen set dalam formasi U di dalamnya.

Periksa pola komunikasi

Bunker ditemukan, namun Tommy belum juga ditemukan.

Tim Kobra pun terus melakukan pencarian dan melakukan pemeriksaan terhadap sejumlah orang yang diduga tahu keberadaan Tommy.

Dilansir dari Harian Kompas pada 29 November 2001, titik terang baru didapat saat polisi menahan salah satu teman Tommy, Hetty Siti Hartika di Apartemen Cemara, Menteng, Jakarta Pusat pada 6 Agustus 2000.